(三)要解决的主要科学问题
1.水产动物病害实验模型的研究
(1)特种水产动物细胞库的建立
在原有鱼类细胞系的工作基础上，重点建立新兴养殖品种细胞系，特别是要探索目前国内外还没有成功的对虾、锯缘青蟹细胞系的建立技术，找到最适培养基和促生长因子等组织培养条件，以突破甲壳类组织细胞长期传代的技术难关，进而建立其传代细胞系。对扇贝、鲍鱼、牛蛙等的组织培养工作也应该视其病害研究的工作进度，特别是病毒学研究的进度，尽早开展组织培养的基本缓冲系统、培养基、生长因子及其细胞传代的研究工作。
(2)水生实验动物标准化研究
以纯系培育到第18代的剑尾鱼为模型，对其生物学、生理学、免疫学特性、病毒敏感性等的研究，建立标准化的水生实验动物。
(3)水生生物病原库建立研究
该项研究包括病原的收集整理、分离和纯培养、分类鉴定等一系列病原生物学研究工作。根据现代生物学发展的要求，进一步开展病原的核酸序列分析、基因结构、特异性核酸片断、免疫原性基因等研究，以建立水生生物的病原库。这是一项基础性研究，为以后水产养殖品种的疾病防治和建立专家咨询系统打基础，十分重要。
2.水产动物主要疾病的病原生物学及流行病学研究
(1)水产动物主要疾病的病原生物学研究
继续对对虾病毒性暴发病、草鱼出血病和主要淡水养殖鱼类出血性败血症病原的基因组结构与功能及致病机理等进行较深层次的研究。开展对扇贝大面积死亡、鲍鱼脓足病、对虾蚤状幼体综合症、海鱼弧菌病、海鱼病毒病、中华鳖病毒病、鳜鱼病毒病、中华绒螯蟹病毒病、月鳢病毒病、乌龟病毒病、欧鳗双极虫病，虾蟹聚缩虫病、鱼类粘孢子虫和微孢子虫病等病原的分离鉴定、致病性和致病条件、体外培养、病原生物学特性及分子生物学结构等的研究。加强对水产养殖生物新发现的疾病或病原的发生与发展检测，及时确认新病原的的危险级别，进而对新病原进行深入的病原生物学研究。
(2)水产动物主要疾病的流行病学研究
开展水产动物主要疾病流行过程中的病原体、寄主、环境三者之间相互作用的动力学研究，探索病原体从寄主到寄主的传播以及群体内疾病流行的规律。研究宿主、中间宿主、病原载体等的病原生态学，掌握水生生物病原生态学特征。研究不同病原在同一类宿主中的分布，掌握病原宏观的相互作用规律；研究病原流行在不同地域和宿主种群中的变异动态，掌握病原流行的发展趋势。重点开展对虾、扇贝、草鱼、中华绒螯蟹等大宗养殖品种主要疾病流行病学的研究。
3.水产养殖动物重大疫病检疫与监测预警系统的技术基础研究
(1)病原早期快速检测技术及检测试剂盒产业化技术
研究水产养殖动物主要疾病病原的单克隆抗体、基因工程抗体、基因克隆、核酸序列等，进而发展用于病原检测的免疫学技术(如凝集试验、沉淀试验、免疫荧光抗体技术、酶联免疫技术、SPA免疫检测技术、免疫PCR技术、免疫转印技术、免疫电镜技术等)、基因探针技术、PCR技术等，实现对水产养殖动物病原的准确灵敏检测及疫病的早期快速诊断，将上述技术向高度敏感性、高度准确性以及试验电脑化、反应微量化、方法标准化、试剂商品化的方向发展，生产出实用性强的快速诊断试剂盒。
(2)影响疾病流行的关键性生态环境因子划定及其监测技术
重点研究病原体、病原载体生物等在环境中的消长规律，查明生态环境因子的变化与上述消长现象的内在关系，掌握影响病原生物生态分布的生态环境因子；同时研究宿主健康与环境因子变动的关系，掌握影响宿主健康的生态环境因子。针对上述查明的环境因子，应用现代生物学及理化、仪器设备检测手段，建立快速监测技术。
(3)宿主发病特征性生理生化指标及其检验技术
研究从健康状态、潜伏感染和发病状态的宿主免疫指标、生理生化指标等的检测入手，掌握关键的发病特征性指标。采用免疫学、分子生物学、生物化学手段建立相应的检验技术。开展群体或区域水平的苗种或亲体的健康及抗病力检验
4.免疫防治技术研究和绿色生物渔药研制及各类渔药临床检验和质量检测技术
(1)水产养殖动物免疫学及免疫防治技术研究
宿主免疫机能研究是确定主要养殖种类免疫系统结构和组成，掌握免疫组织细胞的功能，阐明免疫因子的作用及揭示免疫应答的过程和机理等。病原体抗原性的研究是明确引起宿主免疫识别的关键抗原决定簇或表面大分子结构，认识参与中和作用的关键抗原及中和反应的机理。对水产动物宿主免疫机能研究，淡水鱼类有一定基础，海水甲壳类刚刚开始，而爬行类、两栖类、贝类、海水鱼类等较为薄弱甚至还是空白。对病原体抗原性研究较多的病原体是淡水鱼类的嗜水气单胞菌，草鱼呼肠弧病毒与柱状曲挠杆菌也有一定的研究，对虾的病原细菌或多糖类物质和其它对水产业造成较大影响的病原体则研究较少，甚至是空白。免疫防治技术研究的重点，鱼类主要是疫苗保护技术；而甲壳类和贝类，由于不存在特异性免疫机能，主要研究免疫促进剂的应用技术。鱼病防治疫苗有细胞培养灭活疫苗、弱毒疫苗、DNA疫苗、亚单位疫苗、基因工程新型疫苗等，目前主要解决疫苗大规模制备技术。疫苗使用方法除已广泛采用的注射疫苗外，要加强研究生产上容易应用并推广的浸泡疫苗和口服疫苗。免疫促进剂要深入研究作用机理、对不同生物的免疫促进效能、吸收率、代谢动力学等。
(2)绿色生物渔药的研制及药物学研究
加强高效、低毒、无污染、无残留的绿色生物渔用药物的研究，通过基因工程、发酵工程、生化制备工程技术等手段，开发一系列绿色的微生态环境改良剂(光合细菌、消化菌、放线菌及其它生物活性剂等)、免疫促进剂(肽聚糖、葡聚糖、多肽等)、抗微生物制剂(干扰素、抗菌肽、凝集素、抗病毒肽等)、生物防治剂(病毒制剂、噬菌体制剂、微生物制剂等)及中草药制剂。开展绿色渔用药物的方剂学研究。研制药物饵料添加剂、药物浸浴剂、药物活性保存复合制剂等应用技术。通过药理学、药代动力学及临床检验等深入研究，明确上述生物渔药防治水产养殖生物疾病的机理、用法、效果，并进一步改善药物存在的缺陷，减少或消除存在的毒副作用。
(3)各类渔药管理的质量检验、临床检验及使用跟踪检验技术
针对目前滥用、乱用药物的状况，加强水产常用药物管理势在必行。药物管理包括药物行业标准制定、药物质量检验、临床检验、使用跟踪检验四个方面。制订药物行业标准应实行应用药物的标准化管理。对渔用药物主要成分的含量、主要成分应有的纯度、非药用成分及副产品的含量、有害成分的含量、药物的储运性能、药物的保质期长短、药物的形式与包装等应进行质量检验。对药物的临床药效、药代动力学、药理学、毒理学、药物使用对水产品质量安全的影响等应进行临床检验。对药物使用普及率、药物非正常使用率、药物使用对环境的影响、药物贮运流通环节对药物质量的影响、药物的社会经济学作用等应进行渔用药物的跟踪检验。上述的各项检验的某些检验技术目前还需要建立或完善，如痕量药物成分(包括有效成分和有害成分)的特异性检测技术、药物效用的定量检验技术、药代动力学检验技术、药物对环境影响的评价技术等。
5.控制水产养殖生物病害大规模流行的生态环境调控技术
病害的大规模流行，环境起着重要的作用，一方面它使不同地域的宿主与同种病原有相似的接触机会，另一方面它使宿主的生理条件满足该种病原感染的要求。因此，对病原大规模流行的生态环境条件的研究，要从病原在环境中传播的生态动力学、生态环境状况与宿主生活质量及抗病力的关系、病虫害大规模流行的可能性对区域环境生态容纳量的限制等入手。通过对工厂化养殖、集约式池塘养殖、大水面网箱或放养等不同养殖方式环境条件的研究，开发出影响环境理化状态、微生物生态、浮游生物生态等的微观生态环境调控技术；同时将养殖模式与区域经济计划结合，探索区域性环境生态容纳量的宏观优化及调控技术。实现通过生态环境调节，控制环境中病原生物量，降低宿主应激反应及增强宿主抵抗力。
6.水产养殖生物抗病育种技术
在鱼虾流行病暴发中观察到，不同的养殖群体和个体的发病程度有明显差异，造成差异的原因除环境因素、营养因素外，还存在遗传因素，通过对抗病群体或个体进行遗传分析，确认其差异的遗传分子基础。采用家系选育技术，通过全人工累代的抗病选育工作，使鱼虾的抗病性状稳定地保持下来。同时还可从其它野生或养殖群体中筛选出新的抗病群体，扩大抗病群体的基因池。通过选育的抗病群体的家系间杂交选育，能进一步加强种群的抗病力和改善生长特性。或通过基因工程抗病育种技术，获得基因工程抗病品种，在这方面藻类可能首先取得成功。
