应用微生态制剂进行生态防病是环境调控、生物调控和结构调控的有机结合，其可使动物、微生物和生态环境构成动态平衡，是目前鳖病防治的主流。主要原理是改变微生态结构，增加有益微生物种群，能有效地抑制致病微生物的繁衍，防止白斑病、水霉病等真菌性鳖病的发生，彻底改善环境，及时分解有害污染物质，除臭与净化水质效果特别显著，因而换水量和次数减少，鳖相互撕咬现象极少发生，养鳖成活率明显提高。更重要的意义在于运用此法能生产无污染、无抗菌素等药物残留的绿色食用鳖。目前采用的微生物主要有光合细菌、活性酵素、玉垒菌、EM复合生态制剂等。
一、光合细菌 光合细菌是一大类能行光合作用的原核微生物的总称，其特征是菌体内含有光合色素。光合细菌在厌氧和光照(2000勒克斯~5000勒克斯)条件下能进行光合作用，制造出复杂的有机物，这一作用过程可有效地吸收、降解水体中的氨态氮、硫化氢等有害物质，具有极强的净水和明显的除臭作用。光合细菌在鳖池中单独应用，结果较对照组患病率降低 23％。该菌体还含有64.45％的蛋白质、丰富的B族维生素及辅酶Q等生理活性物质。光合细菌靠分裂繁殖，当条件适宜时，一昼夜可繁殖 72代。水温在20℃以上时，可直接向池内泼洒商品菌，首次按15x10-6使用，以后每隔7天按 2x10-6复用。
二、活性酵素 活性酵素是液态发酵后再经固化处理的粉状菌体，浅红色，微臭，活性物质稳定，易贮存。由复合多株，如光合细菌、硫化细菌 (厌氧)、硝化细菌(厌氧)等组成，能通过特殊的同化作用吸收水中的氨态氮、硫化氢、亚硝酸盐及甲烷气体等有机废物，减少水体中的化学耗氧量，具有很强的净化水质、抑制有害细菌繁殖的能力和明显的除臭作用。笔者在山东潍坊寒亭养鳖场见到，该场温室养鳖坚持定期使用活性酵素，在不增氧和有沙养鳖的条件下，尽管水色变黑，水面上漂起一层如灯泡大的气泡，但温室内无恶臭异味，鳖生长正常，成活率高达99％。一般情况下，可按0.5x10-6~1.5x10-6的浓度化水泼洒，每月2次。在高温季节或水质败坏时，尤其是温室内有异臭味时，可按0.65x10-6的浓度化水全池泼洒，每天1次，连用3天后可见效果。请勿与抗生素、生石灰等抗菌药物同时使用。光照要求 3500勒克斯以上，水温要求28℃以上。使用后正常情况下3天之内不换水，一般减少换水量 30％，或使用微流水。
三、玉垒菌 该菌分解有机物的能力极强，为一般微生物的40倍~60倍。在日本，该菌早已应用于养鳖业，国内已于1995年在上海崇明岛大新镇养鳖场首次试用，先后试用5次，取得成效。玉垒菌用量以第1次每平方米用20克为宜，以后根据水质污染情况，每隔1周到1个月追加 10克，连续3次~4次。使用方法为1份固化成品加10份水，拌匀后放置1小时，使孢子状态的菌体活化，从基质(料糠)释放到水体中。
四、EM复合微生态制剂 EM是有效微生物群的简称，它是由光合细菌类、乳酸菌类、酵母菌类、放线菌类、醋酸杆菌类等5科10属80多种有益微生物复合培养而成，它们在生长过程中产生的有用物质及分泌物成为各自或相互的生长基质(食物)，正是通过这样一种共生增殖关系，组成了复杂而稳定的微生态系统，不仅具备功能齐全的优势，其本身的生产工艺更表现出世界性的高科技水平。EM不含任何化学有害物质，无毒副作用，具有较强的净化和改善环境的功能。目前已在日本、巴西、美国、中国等数十个国家推广使用。它广泛应用于养殖业、种植业、环保业等，效果极佳。
1．EM在水产养殖_上的主要作用机理 具有拮抗致病菌的作用；作为饲料加剂或在池中泼洒EM能改善鳖的内、外微生物环境；能分泌活性物质，具有抗氧化作用；能增强生物体的免疫力，并能促进生物体对饲料的消化吸收以及生长发育与繁殖。
2．EM正确的使用方法
(1)拌饲料投喂 每公斤饲料用EM 3毫升加糖蜜3毫升，如无糖蜜可用红糖水代替，搅拌均匀之后放置半小时左右，促进菌体活化，而后加水拌饲料投喂，若能搁置2小时~3小时后投喂，效果更好。用EM投喂能改善病鳖食欲。
(2)水中泼洒 EM能在水环境pH值在3~12范围内使用，防病一般每立方米水体施EM 1毫升~2毫升；治病应在10毫升以上；温室养鳖水体，全池泼洒EM，第一个10天，用量为 10x10-6，过后每天用5x10-6，长期使用可保水质清新，鳖体健壮，疫病消除；已感染疫疾的鳖类，用1：100倍液浸洗1小时~2小时，连用3天，即可治愈。使用时也应先加等量糖蜜搅拌均匀，搁置半小时后加水稀释100倍后全池泼洒。
(3)注意事项 使用EM期间不要使用抗生素、生石灰等杀菌剂或抑菌剂，以防产生逆变，影响EM使用效果。
