在池塘养殖中，当水体的环境因子发生特殊变化时，不良藻类往往大量繁殖并成为优势种群，抑制有益藻类的生长，导致水体的生产力下降，严重时对养殖水产品的安全造成危害。常见的不良藻类主要有以下几种。
一、微囊藻
系蓝藻类的铜绿微囊藻和水华微囊藻。大量繁殖后，常在水面形成一层翠绿色的水华，严重时可以布满整个养殖水体，俗称"湖靛"。
发生条件：微囊藻喜高温、强光和碱性水质。多发生在盛夏至初秋季节，水温在28～30℃时繁殖最快。当水体中的有机物含量过高，氮磷比例较小（N∶P＜10）时，微囊藻可从环境中摄取相对数量不足的有效氮，满足其生长。同时，能分泌一种抑制其他藻类生长的物质，逐步成为水体的优势种群。
危害：微囊藻虽含丰富的蛋白质，但鲢鳙鱼摄食后不易消化，不利于生长。当微囊藻生长过于旺盛时，水体中的溶氧往往不够其生长需要而死亡，藻体被细菌分解时，会消耗水体中大量的溶氧，同时产生的羟胺、硫化氢等有毒物质，导致鱼类死亡。这种现象多发生在半夜至清晨池塘水体溶氧最低的时候，对四大家鱼的苗种危害较大，鳙鱼种尤为敏感。此外，据报道，微囊藻所产生的蓝藻毒素居已知毒性最强物质的第二位，对人、畜等均有较大的毒性。
防治措施：①加强水质调控，切实搞好预防。微囊藻多发生在鱼类生长的旺季，一旦大量出现，对其杀灭有较大的危险性。可以通过经常性的注排水、增加底层水体溶氧量、泼洒微生态制剂如光合细菌、芽孢杆菌、硝化细菌等措施降低水体中的有机物质，加速氮循环，增加水体有效氮的含量，促进其他有益藻类的繁殖，抑制微囊藻水华的发生。特别是氮磷比例较小的养殖水体，及时追施氮肥补充有效氮是预防的关键。②对已经出现微囊藻水华的池塘，可泼洒0.7克/立方米的硫酸铜或其它灭藻剂及早进行杀灭。杀灭后，应采取换水、施肥等措施，重新培肥水质。
二、角甲藻和裸甲藻
角甲藻为黄褐色，大量繁殖时，在阳光照射下反映出红棕色，俗称"红水"、"铁锈水"。裸甲藻为蓝绿色，喜光群集，大量繁殖时池水往往呈蓝绿色，有时出现绿色带状、云块状水华，俗称"扫帚水"、"乌云水"。
发生条件：角甲藻和裸甲藻喜欢生长在有机质丰富、硬度大、呈微碱性的池塘中。北方地区，以井水为水源的池塘在5～10月份容易发生。
危害：甲藻在池塘中大量出现，往往是水肥的标志，有些种类如真蓝裸甲藻是鲢鳙鱼的优质饵料。但是，由于甲藻对环境的变化非常敏感，当藻类极度繁殖后，如遇天气、水温、酸碱度等变化时，易大量死亡，导致水质突变，成为"臭清水"，群众称之为"转水"。养殖水产品常因水体急剧缺氧和甲藻毒素而死亡。
防治措施：①养殖期间，可通过经常性的注排水控制水体肥度，保持透明度在20厘米以上。②甲藻对环境的变化比较敏感，当水体中大量出现时，可采取加注新水或换水的办法，抑制其生长繁殖。③用0.7克/立方米的硫酸铜全池泼洒杀灭，2～3天后，换水1/2左右。
三、嗜酸性卵甲藻
系寄生性单细胞甲藻。
发生环境条件：适合生长在pH5～6.5、水温22～32℃、水质清瘦的浅水池塘中。江西、广东、福建等南方省份的酸性土壤池塘较多发生，以酸性水（pH6.5）水库为水源的高密度流水池塘也易发生此病。
危害：嗜酸性卵甲藻的成熟个体呈肾形，其分裂后形成的裸甲子具甲藻原形，它能在水中自由游泳，当与鱼类接触后，附着在鱼体上，脱去鞭毛，营寄生生活，引起疾病。开始时在鱼的背鳍、尾鳍及背部先后出现白点，并逐渐蔓延至尾柄、身体的两侧、头部及鳃内。当体表的白点连成一片时，体表好像是裹住一层白粉，俗称"打粉病"。粉块脱落处，皮肤发炎溃疡，常并发水霉病，导致鱼类死亡。入池不久的夏花鱼种和刚转入越冬池的鱼种最易感染，草鱼种尤为敏感。
防治措施：①调整池塘水质呈中性或者弱碱性可抑制其繁殖。在酸性土壤地区的池塘，要坚持用生石灰清塘消毒。养殖期间要定期泼洒生石灰调节水质，每次用量为20～40克/立方米。②发病后，将病鱼迅速转入到中性或者弱碱性池塘中，可杀灭嗜酸性卵甲藻。③当发现鱼体上有肉眼可见的白点时，可投入新鲜的枫树枝，每亩水体用量25～30千克。每5千克扎成一捆，均匀投入到鱼池中，枫树叶应全部沉入水中。大约7天左右，鱼体上的白粉就逐渐消失。另外发生此病时，忌用硫酸铜全池泼洒，因为使用后往往会加重病情而导致鱼类大量死亡。
四、三毛金藻
系三毛金藻属的舞三毛金藻和小三毛金藻。
发生条件：适合生长在盐度3‰以上，氯化物含量2000毫克/升以上，pH7.2～9.6，硬度40度以上的水体中。主要发生在沿海地区滩涂池塘，内陆盐碱地区的池塘偶有发生。
危害：三毛金藻能分泌一种使鱼类中毒的溶血素和鱼毒素，当水体中的数量超过3000万个/升，水体呈黄褐色时，可引起鱼类中毒死亡。中毒发生时，上层鱼类向池塘四隅集中，驱之即散。随着中毒的加深，中层、底层鱼类也相继排列在池岸边的浅水处，一般头向岸边，静止不动，受到惊扰也无反应。此时，如不及时抢救，会造成大批死亡。濒死的鱼在水中侧卧，呼吸困难，呈昏迷状态。鲢鳙鱼对三毛金藻的毒素最为敏感。
防治措施：①对新开挖的盐碱地池塘，要用淡水反复浸泡，降低水体的盐度。②放养前，投施适量的基肥培肥水质;放养后，要加强水质的监控和管理，通过合理追肥保持水体肥度，水体的透明度以不高于25厘米为宜。③当三毛金藻大量出现后，立即采取换水措施，或注入其他水质较肥的水。④全池泼洒12～14克/立方米的碳酸氢铵或20克/立方米的硫酸铵，抑制、杀灭三毛金藻。⑤全池泼洒0.7克/立方米的硫酸铜，2天后更换池水1/2，并追施氮肥和钙肥，培肥水质。
五、青泥苔
系双星藻科的水绵、双星藻和转板藻等丝状绿藻的总称。开始时在浅水处萌发，一缕缕绿色细丝附着在池底或者象网一样悬浮在水中;衰老时，由绿色变成黄绿色，漂浮在水面，形成一团团乱丝。
发生的条件：多出现在水位浅、水质较瘦的池塘中，春、夏、秋三季均可发生。
危害：当青泥苔大量繁殖时，因消耗水体中的养分使水质变得更清瘦，水体透明度可达50厘米以上。当培育苗种的池塘出现青泥苔时，苗种易被缠绕致死。
防治措施：①在投放前，全池泼洒生石灰清塘消毒，用量为100～150千克/亩，并施基肥培肥水质，抑止青泥苔的生长。②对已经发生青泥苔的池塘，可以用0.7克/立方米的硫酸铜全池泼洒杀灭，杀灭后应及时追施有机肥、无机肥提高水体的肥度。③将生石灰粉撒在青泥苔上，在强碱和高温的作用下，可使其腐烂发白。④每亩用25～30克扑草净拌湿土撒于青泥苔上进行杀灭，杀灭后应及时换水，防止水体缺氧。
