水产养殖病害的发生和流行，与养殖对象的生活环境、病原体孳生和生物体自身的抵抗力密切相关。开展水产病害防治，同样要在改良养殖环境、消灭病原体和增强养殖对象的自身免疫力等方面采取技术经济措施。
一、改善养殖环境，进行生态防治
(一)改良水质。通过注入清水来稀释养殖池中的有害代谢物，以改良水质，增强养殖对象的抗病能力；或注入其他水源，以改善生态环境，如注入粪水以促进浮游生物生长。通过清塘，不仅可以除去野杂鱼，清除竞食生物，而且可以杀灭病原体，有效改良水质。
(二)调节温度。许多病原性寄生虫最适温度为20℃左右，通过调节水温，不仅可以抑制病原体的繁殖，而且可以加速养殖对象的新陈代谢。
(三)降低应激反应。如水温的变动幅度过大、底质严重恶化、饲料霉烂变质、突降暴雨、pH值变化、捕捞骚扰、噪音干扰、施药不当等，都能导致养殖对象产生应激反应。而应激反应则会引起养殖对象的能量消耗使机体的抵抗力下降，为细菌和病毒的感染，甚至暴发疾病创造了机会。
(四)进行生态防治。生态防治旨在利用生物之间相互制约的机理来控制病原体，保持养殖环境的平衡，使水产养殖得以正常进行。可在养殖池中加入有益生物，如光合细菌，以促使池中有害物质的转化；投入吃食性种类，以捕食养殖对象中的病体、弱体。
二、控制病原体传播，进行生物防治
(一)建立检疫系统。如引进名、特、优、新品种过程中，引种移植也可成为一条病害传播渠道。如病毒感染，一般有段潜伏期。只要能建立起高效快速的检测技术，便可及时发现和进行诊断。
(二)进行生态环境控制。养殖水域中，不仅存在大量的致病微生物，能而且也有大量的非致病微生物。前者是致病因子，后者的存在往往是保持养殖水域生态平衡的必要条件。而大量的药物投入，虽然杀灭了致病微生物，但也会使有益于水域生态平衡的非致病的微生物受到抑制。因此,对付水产养殖病毒最有效的手段之一,就是加强对水环境的监测和管理。
(三)采用消毒剂控制。用于水产养殖的消毒剂，有氧化剂型和非氧化剂型两大类，前者(如氧化剂、高锰酸钾等)其消杀能力受水温、pH值、氨氮浓度、悬浮物等因素影响较大，尤其对病毒的灭活能力差；后者(如硫酸铜、甲醛等)消杀效果差，而且毒性的副作用大，也难有效预防和控制传染性疾病，特别是病毒病的发生和流行。
(四)进行生物防治。如对养殖对象采取混养和间养等方式，可使一部分致病微生物被混养和间养的养殖对象杀灭或吞噬。
三、应用微生态学原理，进行病害防治
(一)微生态学的基本原理。当水生生物处于健康状态时，在其内外环境中存在一个相对稳定的微生物优势种群。这一微生物群，既能促进有益菌类的生长，又能抑制有害菌类的繁衍，形成抵御致病菌的第一道防线。在常态下，水生动植物、微生物、生态环境，三者构成一种动态平衡，具有相对的稳定性。
(二)慎用抗菌素药物。滥用抗菌药，使病原体的耐药性问题越来越严重，施药量越来越大。如在治疗鱼病时，应有针对地使用对致病菌有专一性的抗菌药物，而不应该盲目采用广谱性的、对非致病菌有杀灭能力的抗菌药物，以免伤害鱼体内的相对平衡的微生物菌群。
(三)施用微生物制剂。可以在养殖对象的体内或体表建立起有益微生物的优势菌群，以达到抑制有害微生物的繁衍，增强养殖对象的抵抗力和免疫力的效果。如目前在水产养殖中广泛使用的光合细菌(PSB)，不仅可以净化水质，预防疾病，而且可以促进鱼体生长。另一种由肠道厌氧菌等有益微生物制成的制剂，用于鱼类肠道微生态系统的重建和调整，对于保持微生态平衡，促进生长发育，均有显著效果。
四、消灭敌害生物，保护养殖对象
水产养殖的敌害生物，包括凶猛鱼类、水中昆虫、两栖类、爬行类和鸟类等。消灭这些敌害生物应分别采取以下技术措施:
(一)控制凶猛鱼类。常见的凶猛鱼类，有乌鲤、鳜、鲶、黄颡鱼、黄鳝、马口鱼等。控制凶猛鱼类的主要手段有:放养鱼苗、鱼种前，对水域中的凶猛鱼类进行清除杀灭；投放养殖苗种前，防止将其他水系的凶猛鱼类苗种带入养殖水域；查明凶猛鱼类的繁殖产卵条件，破坏其产卵场所；投放大规格鱼种，提高养殖对象抵御凶猛鱼类的能力；采用相应的网具钓具，对凶猛鱼类进行围歼。
(二)消灭水生昆虫。常见的害虫，有红娘华、水斧虫、田鳖、水螅、松藻虫和水蜈蚣、蚌虾、剑水蚤等。这些害虫，有的残杀和捕食鱼卵、鱼苗，有的大量繁殖，消耗水中的氧气和养料，使鱼苗生长缓慢，甚至引起死亡。对付这些水中害虫，在放养前全池泼洒生石灰，以消灭其敌害生物。鱼苗放养以后，则针对具体害虫分别泼洒敌百虫、硫酸铜和灭虫精等，予以杀灭。
(三)捕杀危害养殖对象的敌害。主要有水獭、水蛇、水老鼠、蛙类及蝌蚪、水鸟等。这些两栖类、爬行类以及鸟类等不仅捕食养殖对象，而且是某些寄生虫的中间宿主和病菌携带者，容易造成某些病害的流行。应采取诱捉、猎捕等方式予以驱赶或杀灭。
五、施用生长物质，提高养殖对象的生理机能
(一)施用生长物质。将具有生理调控作用的生长物质施用到养殖对象体内，以提高其生理机能，调节核酸代谢，抑制病源繁殖和扩散，并补充其生长的必需元素。如通过施用生长物质的裙带菜，在防治腐烂病上效果良好，不仅提高了养殖对象的产量和质量，而且提前了收获期。其主要机理就是因为通过生长物质的生理调控作用，加强了碳、氮代谢，增加养殖对象的体内核酸及蛋白质含量，促进了裙带菜生长。
(二)应用稀土防治鱼病。应用适当浓度的稀土，可以抑制病菌的生长和繁殖，刺激鱼的食欲，增强鱼的抗逆性，增强鱼病防治效果。特别是对草鱼的赤皮病、肠炎和烂鳃病等,有明显的防治效果。
(三)研制和采用生物活性物质。生物活性物质是从植物中提炼出来的，其主要功能在于调节生物体内神经传导和酶系平衡，以促进体内蛋白质合成及其生长发育，提高免疫能力，消除自由基，提高抗突变、抗菌、抗病毒等作用。
六、进行药物防治，合理用药
(一)对症下药。科学选用鱼药，不仅可以防治鱼病，而且具有调节新陈代谢、改善消化吸收、促进繁殖生长、提高饲料和肥料效应等功效。对症下药，首先，要正确诊断。只有诊断对路了，才能进行治疗。其次，要查明病因。弄清病原体的来源，切断病源，改善养殖水域，创造良好的治疗环境。再次，科学选药。选用既要对病体及养殖环境低毒、无害、少残留，又要成本低，在经济上合算的良药。
(二)合理施药。给药方式一般有以下３种:(1)混水给药。用水将药溶解稀释，进行药浴或全池泼洒。（2）混饵给药，在投喂时，一要强调药饵混合均匀，二是药物与饲料中添加剂搭配要合理。(3)注射给药。一般用于免疫注射或亲鱼催产注射。
(三)提高药效。病原生物的抗药性问题，已引起了水产养殖界的广泛重视，解决病虫害的抗药性问题，一是轮换用药，切断病原体抗药种群的形成；二是开展药用增效剂的研制，通过复配，提高药效。
