它与其化养殖鱼类比较，对遮目鱼的病害研究要少得多，现按病原体分述如下：
（1）细菌引起的疾病：遮目鱼常见的细菌性病有1）红点病：由弧菌引起，常流行于冬季11-3月份的越冬池中，一般可引起15%的越冬鱼苗死亡，高最时可达70%，这通常是由于越冬池中鱼苗密度过高（大于1.3公斤/立方水体），水温低，换水不正常或不足造成水质恶化所致。病鱼体色变黑，缓慢游于水面，身体特别是腹部出现许多红点和溃疡，肛门肿胀发炎，鳍基、眼睛、鳃、口腔、肝、肾、肠道浆膜充血。2）烂鳍：常见于养殖在淡水和咸淡水池塘的幼鱼当中，是由屈挠菌所引起。3）眼瞎：眼角膜变混浊，眼突出、充血，多见于与对虾混养的遮目鱼中，可能是由于对虾攻击或机械损伤然后由弧菌感染所引起。4）竖鳞：多见于亲鱼中，身体化脓，引起鳞片竖起，由弧菌引起，可能与激素注射有关。
对于细菌性病，常用下列几种方法防治：1）疫苗，2）用噬菌体浸浴；3）最常用的是用抗菌素口服或浸浴。表3为防治弧菌病常用药用其剂量。
（2）真菌引起的疾病：真菌性病多发生于冬季，常常是由于捕捉造成脱鳞所引起，并导致眼睛变瞎，感染率3%，病鱼死亡率可达8%。防治方法：用高锰酸钾（10×10-6），吡啶醋酸汞（2×10-6）和孔雀石绿（10×10-6）浸浴。
（3）寄生虫引起的疾病：遮目鱼是一些寄生虫的中间宿主，主要有等足类（Isopoda）中有Rocinella typicus 和鱼怪属 Ichthyoxyenous。防治方法：淘汰病鱼，将健康鱼移到未被感染的池中，然后干塘，放放生石灰，曝晒几个星期。
吸虫类，如单吸虫属Haplorchis，前角囊属Procerouum，遮目鱼是这些吸虫的第二中间宿主，人们若生吃遮目鱼肉，有可能被感染。
鱼虱常常寄生于遮目鱼体表，引起死亡，这常发生于越冬池中，病鱼消瘦体黑，迟钝，常浮游于水面，病灶常常充血，易被细菌或真菌重复感染。防治方法：用1-3%福尔马林或敌百虫浸浴，或每半个月用马速展浸浴，浓度为0.125×10-6.
对于寄生锚头鱼蚤Lernara，用3-5%的盐水浸浴可以除之。
