牡蛎的主要敌害是生物敌害，其生物敌害的种类和危害程度因养殖场环境及季节不同而异。危害较严重而常见的生物敌害有下列几种。应采取防治措施：
三角荔枝螺（俗称根螺）它以夏秋季节为多，用齿舌钻穿牡蛎贝壳食肉，危害幼贝和成贝。三角荔枝螺出现时应积极捕捉。
藤壶：繁殖力强，繁殖季节长，营固着生活。采苗时如果藤壶先占领附着基，蛎苗便无法附着或附着数量减少，如果藤壶附着在蛎壳上，还会与牡蛎争食料，影响牡蛎的生长，应根据褶牡蛎与藤壶幼体不同的附着习性，控制好采苗水层和附苗架高度以及采苗时间，据我们多年的试验观察，蛎苗附着水层较低，一般在距滩面60厘米高度以内，而藤壶的附着高峰期也不相同，或选择在潮位较低、潮流畅通的地方采苗，以减少藤壶的附着。
海鞘、苔藓虫：它们与藤壶一样与牡蛎争夺附着基，在为害很严重时，应及时把这些附着生物铲除，重新采苗。
梭子蟹、锯缘青蟹：以强大的螯足夹破贝壳食肉，在危害较严重时，可用网捕捉。
河屯、鳐鱼：以坚硬的齿咬破贝壳食肉，可在养殖区周围张网拦捕。
海星：是牡蛎的大敌，应经常捕捉。
赤潮：是由于夜光虫、角藻、多甲藻、环沟藻等大量繁殖而产生的，对牡蛎危害也很大，目前尚无有效的防治办法。
细菌和寄生虫：牡蛎在收成季节，性腺正处于成熟阶段，软体部丰满呈乳白色，如果体内寄生有吸虫类的幼虫和绦虫的囊蚴，不但内部瘦瘠，色泽变成淡黄，严重的还会死亡，幼苗受细菌感染，会大批死亡。
