斑点叉尾鮰的鱼病防治是养殖过程中的一个重要环节，尤其在高密度养殖中更为重要，应切实做好防病治病工作，落实“无病先防、有病早治、防重于治”的方针。
病毒性疾病
症状是病鱼皮肤及鳍基部出血，腹部膨胀，并有淡黄色渗出液（腹水）。鳃苍白或出血，一侧或双侧眼球突出，如解剖检查则可以见到肌肉组织、肝、肾和脾有出血区。脾脏呈浅红色和肿大；胃膨大有黏液状分泌物。肠灰白色，无食物。病鱼呈螺旋形游动，呆滞和头朝上垂直悬浮于水中。
该病有高度的接触传染性，水温30度时发病，主要危害10厘米以下的鱼种，3-4月龄的幼鱼也会感染。病程一般为3-7天。死亡率可达95%-100%，残存鱼生长缓慢。
防治方法是降低水温可减少鱼死亡率，但在生产上并不实用。故应从预防着手，注意放养密度，加强饲养管理。
出血性腐败症
症状是病鱼在水中呈呆滞的抽搐状游动，停止摄食，体表有圆形稀疏的溃疡（皮肤、肌肉坏死），腹部肿胀，眼球突出；下颌充血，体腔内充满带血的液体，肾脏变软、肿大，肝脏灰白带有小的出血点，肠内充满带血的或淡红色的黏液，后肠及肛门常有出血症状、肿大。
此病在养殖高温季节发病率较高，危害严重且不易控制、疗程长。防治方法是使用50毫克/升生石灰或1毫克/升的漂白粉全池泼洒，连续2-3天。同时使用磺胺+土霉素+维生素C +呋喃唑酮四合剂内服5-7天，效果很好，药物添加量为每吨饲料中磺胺1公斤、土霉素2公斤、呋喃唑酮0.5公斤、维生素C 0.2公斤。
爱德华氏病
症状是初期病鱼胸鳍侧有直径为3-5毫米的损伤，外部如针状的创伤，并深入到肌肉。在10-15天内损伤面积逐渐扩大，病菌频繁入侵病鱼血液或感染肾脏，患病的成鱼在损伤的肌肉内有恶臭的气味。死亡的病鱼明显与肾脏、肝功能衰弱有关。发病后期难以治疗。
防治方法是用抗生素如氯霉素、土霉素等治疗，用量为每吨饲料中氯霉素0.5公斤、土霉素1.5公斤。
柱状病
症状是初期在病鱼躯干部、头部出现损伤，或鳍条有灰白色，并有轻微出血。当病状扩大时，则变成灰白色溃疡。皮肤完全被侵蚀、肌肉暴露。随着感染加深，导致鱼类死亡。另外感染鱼的鳍被腐蚀后，病原体扩散到身体其他部位。通常鳃丝末端开始有褐色的坏死组织，发展到鳃丝基部。真菌可作为继发性病原侵入这些病变部位。
防治方法是用1%-3%的食盐水药浴到鱼有不安状。用呋喃唑或磺胺类药物每吨饲料用药1公斤拌入饵料投喂，同时用1.5-2毫克/升呋喃唑酮全池泼洒。
水霉病
本病最明显的症状是肉眼可见鱼体表有或小或大丛的灰白色棉絮状的菌丝，黏液分泌增多，食欲减退，鱼体瘦弱，最后衰弱而亡。
防治方法一是在拉网和运输过程中，操作要细致，尽可能避免鱼体受伤。操作结束后，可用3%-4%的食盐水浸洗10-15分钟。二是若病情严重可将池水放浅，用3-5毫克/升的治霉灵全池泼洒。
小瓜虫病
小瓜虫病是危害最严重的疾病，苗种期间感染率极高，尤其在鱼种下池初期体质未恢复或因管理不当鱼体质较差时感染率极高。如环境条件适于此病，几天内可使鱼全部死亡。小瓜虫侵入鱼的皮肤和鳃组织后，形成大头针头大小的小白点，肉眼可见。镜检可见小瓜虫幼体或成体。此病一年四季均可发生，即使水温高达32度也能发病。
防治方法是用0.15毫克／升硝酸亚汞全池泼洒有较好的疗效。或每立方米水体用生姜2.6克，辣椒粉0.5克。先将生姜捣烂，加入辣椒粉，混合后煮沸，全池泼洒，效果很好。
