海湾扇贝为雌雄同体。其生长发育较快，春季培育的苗种，养殖到秋季（壳高达5厘米左右）性腺就成熟，并可以此为亲贝采卵培育苗种。生物学最小型为2.2厘米。性腺局限于腹部，精巢位于腹部外周缘，成熟时为乳白色；卵巢位于精巢内侧，成熟时褐红色，通常性腺部位表面具一层黑膜，在性腺逐渐成熟过程中，黑膜逐渐消失，精巢与卵巢便历历分明。
当性腺开始发育后，在控温条件下给予一定数量的饵料，能促进性腺提前成熟，排放精卵，这就是提前苗与多茬育苗的生物学根据。在我国北方海域，海湾扇贝一年有春秋两个繁殖盛期，春季为5月下旬至6月，秋季为9至10月。秋季生殖期后，腹部透明，无精卵存在。
