1.根据症状及流行情况进行初步诊断 在根据症状及流行情况进行初步诊断时，必须注意以下区别：
(1)以肠出血为主的草鱼出血病和细菌性肠炎病的区别 活检时，前者的肠壁弹性较好，肠腔内黏液较少；病情严重时，肠腔内有大量红细胞及成片脱落的上皮细胞。而后者的肠壁弹性较差，肠腔内黏液较多；病情严重时，肠腔内有大量黏液和坏死脱落的上皮细胞，红细胞较少。
(2)草鱼出血病和细菌性败血症的区别 前者主要危害草鱼、青鱼的鱼种；后者则危害团头鲂、鲫、鲢、鳙、鳜、加州鲈、黄鳝、草鱼、白鲳、银鲴、大口鲇等多种淡水鱼，且对鱼种，食用鱼均危害。
2.根据病理变化可做出进一步诊断 如患出血病的鱼，小血管壁广泛受损，形成微血栓，同时引起脏器组织梗死样病变；在肝细胞等的胞浆内可以看到嗜酸性包涵体；超薄切片用透射电镜观察，在胞浆内可以看到球形病毒颗粒；血液中红细胞数、血红蛋白量及白细胞数均非常显著地低于健康鱼；白细胞血式小，淋巴细胞百分率十分显著地低于健康鱼，单核细胞百分率则非常显著地高于健康鱼；血清谷丙转氨酶、异柠檬酸脱氢酶、乳酸脱氢酶活性增高；血清乳酸脱氢酶在近阴极处出现第六条区带；血浆总蛋白、血清白蛋白、尿素氮、胆固醇均降低等。
3.免疫学诊断 最后确诊需进行免疫学诊断，常用的免疫学诊断方法有：
(1)葡萄球菌A蛋白协同凝集试验 杨广智等1991年报道，该方法快速、特异、设备简单，适合基层单位检测。
(2)酶联免疫吸附试验(ELISA法) 闵淑琴等1986年报道，该方法灵敏、准确、特异，可用于做早期诊断。该方法的灵敏度至少比不连续对流免疫电泳法(DCIE)高400倍。中国科学院武汉病毒研究所已制成试剂盒，可供早期诊断用。
(3)斑点酶联免疫吸附试验(Dot—ELISA) 简称点酶法。邵健忠等1996年报道，该方法操作简便，不需要特殊的酶标仪；灵敏度高，比葡萄球菌A蛋白协同凝集试验的灵敏度高10倍，比常规酶联免疫吸附试验高20倍。在鱼已带毒，但尚未显症时即可检出。可用于早期诊断、检疫和病毒疫苗质量检定，是适合基层单位的快速、准确和易行的检测方法。
(4)逆转录聚合酶联反应(RT—PCR) 王铁辉等1997年报道，该方法是检测草鱼出血病灵敏(最小可检测到0.1皮克病毒核酸，1皮克＝1×10-12克)、特异、快速而有效的方法，更适合于大批样本的检测。该法不仅能够检测发病期显症病鱼体内的病毒，而且能够检测发病前期及发病后期外表正常的病毒携带鱼中的病毒，预示可用于草鱼出血病的早期诊断。
(5)免疫过氧化物酶技术 刘荭等1995年报道，该方法快速、简便、灵敏度比较高，整个过程只需4-5小时。其特异性能满足早期检测和诊断的目的。
