鳄的人工繁殖应做好亲鳄的管理、鳄卵的收集孵化、幼鳄的培育等工作。
作为繁殖用的亲鳄，其雌体和雄体应尽量选择遗传距离比较远的个体。亲鳄池应尽量位于养殖场的僻静处，采用半边坡半边水的池塘，四周砌砖墙。半边坡上应杂草丛生，适宜雌鳄筑巢产卵。若杂草不足，应人工投放一些，使雌鳄有足够的巢材，避免相互争夺，妨碍产卵。雌雄鳄搭配比应为3-4：1。整个池塘的放养密度不宜过高，因为亲鳄在一起发情、追逐和交配时，活动量较大，水深应保持1米以上，满足其水下交配的要求。交配前一阶段，由于性腺发育的需要，投饵量应适当增加，并且多搭配几种，喂些鱼、猪肉、活鸡、鸭和野兔等。产卵时，鳄吃食减少，可适当减少投喂。但产完卵后，由于恢复身体的需要，其会大量觅食，故应增加投饵。扬子鳄生性凶猛，且在繁殖期雌鳄腹部鼓大，行动不便，应减少对它的干扰。所以在产卵期不要去捕捉亲鳄检查产卵与否，可通过观察统计岛上的巢和卵的数量来推测产卵情况。
产卵区内的卵应及时收集。扬子鳄有强烈的护卵习性，所以收卵时应注意几个人互相配合，一个人收卵，其他几个人用棍棒和捞罩驱赶鳄鱼。收卵时，用事先做好的收卵箱装卵，特别注意卵的摆放应近似于自然产卵的位置，动物极应朝上，不能随意旋转，否则会影响鳄卵的孵化。关于收卵的确切时间尚无定论，一般认为产完卵后应及时收集，防止遭到其他产卵鳄的破坏，也有报道认为过早收卵会影响胚胎发育，降低孵化率。收集的卵应逐一进行检查，注意检查是否受精、是否畸形、外壳是否完整，然后进行编号放入孵化箱中进行孵化。
鳄卵的孵化应充分考虑温度和湿度。孵化室的设计首先应该有保温、加温设备，能够进行温控，使室温不受外界气温变化影响。室内应建贮水箱，使水温和室温接近，特别注意不能为了提高湿度而对鳄卵喷凉水，这样做会导致胚胎发育的停止。塘壁和地面应光滑，注意清洗，室内除放置孵化箱外，不要放其他杂物，不能有鼠害。为充分利用空间可以安放多层孵化箱。孵化箱可用塑料箱，也可以用水泥板箱，也可用竹编，尽量不用木箱、铁箱及其他金属材料箱。孵化箱底部应有通气眼，孵化时先在箱底部垫上巢材，或者半干半湿的蕨类、苔藓类，然后放置1层-2层鳄卵，上面再覆盖上巢材。保持室内30℃-32℃的恒温，注意不要低于28℃，也不要高于32℃，经常喷水，保持巢材潮湿。室内空气应稍加疏通，因为胚胎发育过程中需要氧气。
在孵化过程中，应经常不断地对鳄卵进行检查，发现停止发育的鳄卵要及时拿走，还要防止霉变、破裂，检查卵时要轻拿轻放，定期用药物喷巢材，防止霉菌等细菌滋生。快要出壳时，鳄卵外壳的颜色会变深，临出壳前，幼鳄已能发声，并能自己弄破坚硬的外壳，挣脱出来。一般人工孵化时，发现幼鳄快要出壳前，可人为的帮助它。刚出来的幼鳄，腹部尚有一裂口，连接一条几厘米长的脐带。脐带的另一端附着在蛋壳上，一般能自行挣脱，也可以人为剪断脐带。刚孵化出来的幼鳄在1龄以前死亡率较高。
刚出壳1周内的幼鳄不需要投喂，以卵黄为营养。把它们放置在与孵化室环境相似类的培育室内的饲养箱内。饲养箱一般用水泥制成，高40 厘米-50厘米、宽40厘米-50厘米、长1米，内分水区和用泥砂铺成的陆地区。每箱放10尾左右，幼鳄可在水箱内自由活动，可把小鱼和小肉片放在箱内投喂，每天应清洁箱内卫生。幼鳄很贪食，应控制投饵量。一般经过1个月的养殖后，天气转凉，此时应提高培育室的温度，延长其生长期，因为过小的幼鳄越冬困难。经过一段时间的饲养，幼鳄个体大小会有差异，应分箱养殖。当养殖到尾重40克左右时，大约在12月中旬，便可安排越冬。越冬时提前2天-3天停食，使胃、肠内食物完全消化吸收，然后逐步降低温度，直到 10℃左右。整个越冬期均要保持此温度，不能忽高忽低。进入冬眠的幼鳄已经处于昏迷状态，不吃食也不运动，呼吸十分微弱，这时应安排专门的值班员，防止虫害、鼠害。可在培育室越冬，也可建专门的地下越冬室。越冬期应注意保持越冬室安静，防止幼鳄受到惊扰。待来年苏醒过来后，就可以放到半自然幼鳄培育池中进行养殖。到了第二年的冬季，就可以在户外越冬。
