保存的卤虫休眠卵，随时可以放到新鲜海水中孵化。孵化率的高低不完全决宇卤虫的不同地理品系，而且还同卵的加工和保存过程、孵化所用容器、孵化时的环境条件、卵的密度等有关。孵化效果如何，一般根据卵的孵化密度高低来判断。1克重休眠卵约有20万-30万粒。孵化适宜密度因孵化条件而不同，用平底长方形且底面积大的孵化器，由于充气时卵会挤到角落中去，孵化效率差，每升水只能孵化0.1-1克，用漏斗形孵化器，从底部通气，孵化可达到高密度。
例如用圆筒形透明聚氯乙烯制漏减法状75升容器，孵化密度可达5克/升。这种透明漏斗状孵化水槽，常用容量为0.5-1吨，大量孵化时，最大密度不能超过10克/升。孵化休眠卵用天然海（盐度30‰左右）最为方便，盐度在5-70‰都能孵化。孵化最适温度为25-30℃，在30℃时孵化最快，冬季必须加温。低温贮藏的休眠卵，应在室温条件下暂放1-2周后再孵化，否则优质无节幼体的收获率低，孵化时，要从孵化器底部不断通入具有一定压力的空气，使卵保持悬浮状态。75升水槽中，约按20升/分通气，即可保持2毫克/升的溶氧量。一般溶氧量保持在2-8毫克/升。卵的孵化速度稳定，低到0.6-0.8毫克/升时，卵的孵化完全停顿，光照不仅影响卵的孵化化率，还影响卵的孵化速度，用1000勒克斯连续光照，可获得较好结果。对75升水槽，用4支60瓦日光灯管，在距离20厘米处，对孵化悬浮物进行连续光照即可，收于休眠卵中混有有机杂质，应在放到孵化容器之前，用自来水预浸1小时，再在125微米网目筛网上对吸水卤虫卵彻底冲洗，去掉杂质后放到孵化水中，孵化用水的酸碱度，应保持在8以上。一般当条件适宜时，休眠卵在1-2天内即孵化成无节幼体。停止通气后盖上不透光的容器盖子，静止数分钟（5-7分钟），即可采收。无节幼体有正趋光性，可以把漏斗状孵化器上部涂墨或用黑色布总营业额住，使光线只照到容器下部，再加上饱和盐水或粗盐，使盐度上升。这样空壳漂浮到容器最上部，沉降到漏斗最底部的是残渣和未孵化的卵，无节幼体则集中在光照透过的容器之下方。先打开下面塞子，取出未孵化的卵和残渣再用虹吸方法，把带沉锤的管子伸到光亮处，就可回收到无节幼体。按上述方法回收的幼体中，如果未孵化的卵和卵壳仍较多时，可把回收的无节幼体和卵子等一起放入装有清洁的海水的孵化器中，按上述办法再回收一次，便可分离出更干净的卤虫幼体。
用混有卵壳、未孵化卵的卤虫无节幼体，投喂鱼、虾幼体时，不但会败坏水质，而且鱼、虾幼体吞食了卵壳和未孵化卵，会引起肠梗阴，甚至死亡，因此，必须把坏卵和卵壳分离出来，此外，在投喂之前，为了防止甘油、孵化代谢物和细菌污染鱼、虾育苗水池，应将无节幼体置于125微米筛网上，充分洗涤之后再投喂。
