海湾扇贝工厂化育苗主要设施包括，育苗池、饵料池、饵料保种室、沉淀池、净水兼加温水池、水泵房、过滤器、加温设备、充气设备、给排水管道和发电设备等。
（1）育苗池：用于亲贝促熟、采卵孵化和幼体培育，保温性能要好，超过500立方米水体的育苗室，育苗池规格以不小于30立方米，水深1.5米为宜，池子小，数量多，管理不方便。
（2）饵料池：用于单细胞饵料生物培养。饵料培养水体与育苗水体之比以0.5：1为宜，饵料池分二级池和三级池。二级池规格一般为0.5立方米，三级池为3-5立方米。有效水深均为0.5-0.6米。二级池数与三级池数的水体比以0.07：1为宜。饵料培养对温度和光照的要求比较严，因此，饵料室不仅保温性能要好，而且要有充足的采光，屋顶和墙壁的采光面应为2/3左右。为了便于饵料输送和减少占地面积，饵料室最好建于培育车间上面。
（3）饵料保种室：用于饵料保种和一级培养。一级培养多用容量5升的下班三角烧瓶，通常每立方米育苗水体三角烧瓶配用量不少于2个。
（4）沉淀池：用于直抽海水的沉淀，沉淀池水体与育苗池水体的比例，应视海区水的混浊度而定，一般应为育苗池水体的2倍以上，由于需交替使用。沉淀池要分为若干格。
（5）净水池兼加温水池：用于贮存过滤后的清洁海水及海水回温用。净用水回温用。净水池总容水量不宜小于育苗池总体的1/2，为便于交替使用，也应分成2格以上。净水池要与育苗池保持必要的高差，使其能自流。
（6）水泵房：通常分为一泵和二泵，一泵将海水抽至沉淀池；二泵将沉淀后的海水加压送入过滤罐并压入净水池。
（7）过滤器：用于过滤沉淀后的海水，常用的过滤器有两种，一种是过滤罐，另一种是过滤池，滤材均用粒径0.1-0.2毫米的细砂，过滤池利用沉淀池与净水池之间地势位差靠重力过滤，滤水速度较慢，占地面积较大，地势也较难选，因此目前多数采用过滤罐。
（8）加温设备：用于加温海水及育苗室、饵料室、保种室的采暖。一座500立方米水体的育苗室，需蒸发量2吨/小时的锅炉一台。海水加温的方式有密闭式和开放式两种。密闭式通过设于加温池底的加势盘管释放热量。开放式将蒸汽直接向水中喷射，开放式加热快，但淡水耗量大，水质不如密闭式稳定。
（9）充气设备：用于亲贝促熟、饵料及幼体培育充氧，常用充氧设备为罗茨鼓风机一台，风量为5立方米/分，可满足500立方米育苗水体需要。
（10）给排水管道：除一泵至入海部分应采用铸铁管或无缝钢管外，其余给水管道均宜采用聚氯乙烯管。每个育苗池最好并列设置加温海水和常温海水龙头各1个，用来调配水温。育苗池和饵料池池底均应设排水孔，废水通过排水沟排除，排水沟应低于池底50-60厘米，室内部分排水沟上方敷以盖板方便行走。
（11）发电设备：用于停电时临时供电。
