夏秋季节鱼塘水温高，投饵量大，物质代谢活跃，养殖水体中有机物含量高，是微囊藻易大量繁殖并形成危害的季节。当蓝藻门中的铜绿微囊藻和水华微囊藻大量繁殖时，在浮游植物中占优势，使鱼塘水呈蓝绿色，俗称“铜绿水”，严重时在水面形成一层厚厚的蓝绿色“水华”，给水产养殖业造成严重危害。
微囊藻大量繁殖的危害。微囊藻大量繁殖的鱼塘，微囊藻占绝对优势，抑制了其他浮游植物的正常生长，对鱼类有利的浮游动物、植物的生长繁殖受到影响。晚上大量消耗溶氧产生二氧化碳，容易造成缺氧泛塘；由于微囊藻外包被一层胶质鞘膜，基本不能被鱼类消化吸收，同时微囊藻蛋白含量较高藻体死亡后分解产生羟胺、硫化氢等对鱼类有害物质，当这些有害物质含量较高时，会导致鱼类中毒死亡；微囊藻大量繁殖时水体PH值急剧上升，使鱼体内硫胺酶活性增加，造成鱼体缺乏维生素B1，导致神经系统失调，痉挛。
微囊藻大量繁殖的原因。鱼塘水质过肥，有机物含量过高是微囊藻大量繁殖的根本原因。微囊藻大量繁殖时，强烈的光合作用使得水体PH值迅速上升，而微囊藻在碱性水体(PH8－9.5)中，水温28－32℃时繁殖最快，如此恶性循环，使得微囊藻最终占据绝对优势。
微囊藻难以控制的原因。微囊藻外包被一层胶质鞘膜，基本不能被鱼类消化吸收，一旦有微囊藻被引进养殖水体，如不加以控制，就会呈逐渐积累的趋势；在适宜的条件下，微囊藻生长繁殖迅速。一旦微囊藻在水体中成为优势种，经不彻底杀灭后1－2天又会大量繁殖成优势种群；用药难度大。一般来讲，如能正常使用0.7ppm的硫酸铜全池泼洒，对微囊藻的杀灭效果是比较肯定的。但是，由于精养鱼塘的鱼载量较大，且一般鱼塘发现微囊藻时危害都已经比较严重。这种情况下，如大量施药易造成缺氧，甚至泛塘。
微囊藻的预防。把好水源关，鱼塘进水时，严防引入其他鱼塘排出的“铜绿水”；对于以前爆发过微囊藻的鱼塘，放养鱼种前应进行严格消毒，建议排水后用“扑草净”清塘(施药后搅动底泥效果更好)，3天后再用生石灰清塘。进水后尽快施肥，培养有益藻类，使有益藻类占优势，抢占生态位，抑制微囊藻的繁殖；精养鱼塘定期换水，降低有机物含量。
微囊藻的治理。当精养鱼塘爆发微囊藻时不能单一用药，应当综合处理：⑴大量排水，选择晴天上午大量排水，在保证养殖鱼类不会缺氧的前提下，尽可能降低水位。⑵全池泼洒硫酸铜，使池水呈0.7ppm浓度，杀灭微囊藻。⑶全池泼洒硫酸铜2－3小时后回水，在天黑前恢复到原来水位。有条件的可注入其他没有发生微囊藻且水质较好的鱼塘的水，以便引进有益藻种，尽快培育好水质。⑷停施有机肥，改用无机肥，以减少有机物含量并为新引进的藻种提供养分。⑸若经处理后若仍有较多微囊藻，可在下风微囊藻聚集处用较高浓度漂白粉溶液直接泼洒在微囊藻水华上，泼洒漂白粉后可见微囊藻水华很快变黄并死亡，可连续用药几次至下风处不见微囊藻水华为止。泼洒漂白粉溶液既可杀灭微囊藻，又可降低水体有机物含量。
