在水产养殖集约化发展的今天，疾病的发生更加频繁，药物在水产养殖上的应用更加广泛，水生动物药物残留问题日益突出，一方面使人类水产品食用卫生安全得不到保障，另一方面也成为我国农业创汇发展的主要障碍。
1、耐药性发应。在水生动物饲料中长期添加促生长抗生素或生产中滥用药物会导致水生动物体内的细菌产生耐药性。研究表明，随着抗菌药物的不断应用，细菌中耐药菌株的数量不断地增加。这些细菌的耐药性可以通过耐药因子在人群中细菌、动物群中细菌和生态系统中细菌间互相传递，导致致病菌产生耐药性，引起人类和动物感染性疾病的治疗更困难，虽然有时可以采用一些替代药品，但可能毒性更高、价格更贵。
2、变态反应。水产养殖经常使用的磺胺类、四环素类及某些氨基糖甙类抗生素是极易引起变态反应的品种。变态反应的症状多种多样，轻者表现为红疹，严重者甚至发生危及生命的综合症，如磺胺类药物能引起人类的皮炎、白细胞少、溶血性贫血和药热等疾病。
3、中毒反应。卫生研究及临床资料表明，人们食用被药物污染和残留的水产品后容易出现毒性反应，其毒性反应因药物的种类和剂量不同而异。如链霉素等氨基糖甙类抗生素易损伤听神经及肾功能；四环素类抗生素易阻抑幼儿牙齿发育和骨骼的生长；氯霉素能引起再生障碍性贫血和颗粒性细胞缺乏症；敌百虫在一定条件下会形成具有强毒性的敌敌畏。可见药物残留于水产品中的危害之严重。
4、“三致”作用。某些药物或天然物的残留极易对人类和动物产生致癌、致突变及致畸作用。孔雀石绿是河蟹育苗中经常使用的化学药品，但却是一种强致癌物，我国及许多国家和组织已经禁止使用；经常使用的呋喃类抗生素如呋喃西林、痢特灵以及在饲料中添加的部分生长促进剂如乙烯酚类也具有较强的致癌作用；生产中经常使用霉变的饲料容易使黄曲霉素在动物体内富集，并最终到达人体内，虽然其本身不具有生物活性，但是经代谢转化为活性的采核物质后，易与大分子共价结合，引起癌变作用。
5、其他。在配合饲料中常含有一些激素类药物，这些药物在人体内蓄积后使人的正常生理功能发生紊乱，更严重的是某些激素类药物会影响儿童的正常生长发育。另外，某些药物降解后易产生有害的分解产物，如水产消毒剂二氯异氰尿酸及三氯异氰尿酸的分解产物中含有氰化合物，其在水生动物体内产生残留后危害极大。
