单胞藻可作为鱼苗的开口饵料，又是滤食性贝类的优质饲料。单胞藻作为一种饵料资源其品质好坏直接决定着养殖的成败。在单胞藻的培养中，敌害生物的污染和危害是造成培养失败的主要原因，目前还没有很好的解决办法。对待敌害生物，应以防为主，防治结合，尽可能减少其危害。
一、预防措施
1.严格防止污染在单胞藻的培养过程中，敌害生物污染的可能性是经常存在的。而敌害生物对培养藻类的危害，是目前单胞藻培养中存在的最主要问题，关系到培养的成败。因此，应严防敌害生物的污染。
在生产流程中，防止污染的重点应放在藻种培养这一环节上。因为藻种培养在室内进行，培养容器为玻璃瓶，防污染的能力较好。只要藻种没有敌害生物污染，扩种培养时，生产周期不是很长，即使发生污染，敌害生物还需要一段生长、繁殖的时间才能达到一定的数量，因此危害也不大。也就是说，藻种纯，扩种培养才有保证。因此，在藻种的培养中要严格防止污染。
2.保持培养藻类的生长优势和生长数量培养藻类生长情况的好坏和在藻液中是否占绝对优势，在防止和减轻敌害生物的危害方面，有着重要的作用。当培养藻类生长良好、繁殖迅速时，敌害生物的严重危害情况较少出现，有时在受到污染的情况下，经过一段时间的培养，污染生物的数量并没有增加，甚至减少消失。保持培养藻类良好的生长及其数量上的绝对优势，通过分泌较多的胞外产物对敌害生物起抑制作用，是培养成功的关键。
保持藻类的良好生长，首先接种的藻种必须是指数生长期的细胞，接种的藻种量要大。其次环境条件(温度、盐度、光照、营养盐)要尽可能满足藻类生长的要求，使一开始藻类细胞的数量就在培养液中占绝对优势。
3.做好藻种的分离、培养和供应工作在藻类培养中严格防止污染是重要的，但目前单胞藻培养的水平，在长期的培养过程中，绝对防止敌害生物的污染是不可能的。因此，敌害生物会在适宜的条件下大量繁殖，使培养失败。要解决这一问题，就必须不断地补充新的纯藻种来取代已经污染的藻种，才有可能使培养顺利进行。所以进行藻种的分离、培养和供应工作十分重要。
二、清除、抑制和杀灭敌害生物的方法
1.使用过滤方法清除大型敌害生物单胞藻都很小，对污染的大型敌害生物(如轮虫等)，可以用过滤方法清除。通常清除轮虫可用网孔小于60微米的筛绢过滤，经一次过滤可以清除轮虫的成体，而轮虫卵和正在发育的幼小个体不能完全清除，所以必须连续过滤3天，每天1次。待第一次过滤后存留下来的卵和幼小个体发育成长为成体后，在第二次或第三次过滤时清除掉。
2.使用药物抑制或杀灭敌害生物用于抑制或杀灭敌害生物的药物，有化学药品和中草药两大类。目前，药物杀灭敌害生物虽然取得一些初步效果，但还需进一步试验。
3.改变环境条件杀灭敌害生物使用此法必须了解培养的藻类和敌害生物对生态因子的适应范围，然后根据具体情况，改变某一环境因素达到杀灭敌害生物而又保存培养藻类的目的。
