一、硫酸锌、硫酸铜及其复配制剂。硫酸锌、硫酸铜及其复配制剂是重金属盐类杀虫剂，在虾蟹养殖业中已经使用多年，有些地区的纤毛虫已经对其产生了严重的耐药性，按照常规剂量使用治疗效果不理想，加大药物剂量很容易造成药害。由于没有更好的替代药物，目前这类制剂仍然是治疗纤毛虫病的主要药物。
二、高锰酸钾。杀灭纤毛虫，每亩水面1米水深高锰酸钾用量为1公斤，药浴浓度为5-10毫克/升，浸泡3-4小时。但高锰酸钾使用成本高，且对虾蟹的鳃刺激性较大，现在养殖生产中很少有人直接用高锰酸钾。
三、甲醛或戊二醛。生产中使用的甲醛为40%左右的福尔马林溶液，用来杀灭纤毛虫的用量为18-20克/立方米；浸浴方法为0.5-1.25%甲醛溶液浸泡1-2小时。戊二醛具有类似甲醛的性质，但成本高，一般不单独用来治疗虾蟹纤毛虫病。
甲醛、高锰酸钾、硫酸铜和硫酸亚铁等药物兼有强大的杀藻灭菌功效，很容易造成倒藻或微生物大量死亡，引起水质恶化，而且对虾蟹鳃部及其他病灶的刺激较大，容易引起轻度患病虾蟹大量死亡，因此不提倡使用这些药物。
四、二硫氰基甲烷溶液。二硫氰基甲烷是一种高效、广谱性的优良杀虫剂，对水体细菌、真菌、藻类和原生动物都有很强的杀灭和抑制作用。但是由于成本偏高、制剂技术要求高等因素制约，生产上应用不广泛。
五、表面活性剂。常用的是新洁尔灭和洗必泰，由于成本较高、杀灭率不高等因素，将其开发成杀纤毛虫产品的渔药厂家很少。实际生产中仅小水体或药浴情况下选用。
六、代森铵。代森铵原本是一种农用杀菌剂，在实践中人们发现其对纤毛虫有良好的杀灭效果，随后被开发成商品渔药。但是近两年其缺点也日益暴露，如导致养殖动物缺氧等，现已逐渐退出渔药市场。
