在微藻的培养过程中，或在微藻作饵料投喂时，要经常对微藻的生长量进行测定，主要方法有：细胞计数法、干重法、光密度法、压缩体积法、叶绿素法、C14法和氧产量法等，但用得最多的是细胞计数法；比较精确的是干重法，快速方便的是光密度法；生产中实用的是压缩体积法，因为微藻作为饵料用时，一般都是以活体投喂，所以干重法只用于实验室的精确测定，而生产中不常用。
细胞计数法可用自动颗粒计数计，各种计数框和血球计数板等。国内常用的是BX-K-25型血球计数板，每片计数板上有下两个计数池，每个计数池由9个大方格组成（四周8个大方格，每个又分划成16个中方格；中间的一个大方格则分成400个小方格）每大格的面积都是1平方毫米，的空间，所以在这1大格中计数到1个藻细胞，即表示1毫升水体中含有10000个藻细胞。每个计数池我们取对角线上的大方格计数。共5个，每片计数板共计数10个大方格，重复3次，，则将30个朋方格内计数到的藻细胞数，取其平均值，即表示该藻液样品的藻细胞密度。列如：计数1个扁藻的样品。30个大格内计出的藻细胞平均数为45个细胞/格，就知道该样品的细胞密度为45乘104个细胞/毫升。
虽然用光密度法测定的OD值随微藻的培养条件、生长状况等不同而有一定的误差，不能完全与实际的藻细胞数目对应，但该法方便快速，所以在测定大量样品时，还是值得推广的。一般用国产721型分光光度计（测定波长范围360-800毫微米）就可以，只要选择在各类微藻的吸光度最大的波长上进行测定，而吸光度值的范围尽量选用在0.1-0.8之间，就可以得到较高的准确度，各类微藻测定时的参考波长（毫微米）为：蓝藻类560；绿藻类665；硅藻450，金藻类450。
随着水产动物苗种生产的集约化程度的提高，单位水体密度的不断增加，所需的饵料数量也不断增加，因此，就不可避免地将讲道德 多微藻培养液带入育苗池中，在培养液中不但有许多氮、磷、铁等营养元素，而且还含有微藻的代谢产物，这些物质对动物幼体生长发育有严重的危害。投喂时应尽量将培养液除去。所以日本水产界在动物的苗种生产中，结合除去微藻培养液的操作程序，引入一种“压缩体积”的计数方法，即将微藻悬浮液装入有刻度的离心管中，在离心力为1500克下，离心30分钟，测出浓缩后的微藻体积，其计量单位为立方厘米（毫升）/升。在投饵时，平时都以升藻液/立方米育苗水体计算，如用压缩体积，则根据测出的数据，换算成所需的浓缩藻泥的体积进行投饵。例如原来每立方米育苗水体需投藻液20升，而测量的这种藻液的压缩体积为2.2立方厘米/升，则需投浓缩藻泥44毫升。
底栖硅藻的计数有两种方法。一种是取一定面积的附着基，将上面附着的藻细胞全部洗刷下来，放入一定体积的海水中，充分搅匀分散后，用血球计数板计出单位体积中的细胞数，再换算成单位面积附着基上的藻细胞数。另一种方法是将附着基，特别是透明的玻片，聚乙烯板或薄膜，直接在显微镜下测定出附着基的面积和上面附着的硅藻细胞数。底栖硅藻定量时的常用计量单位是个细胞/平方毫米。
