生产实践证明，即使是最健壮的鱼种，也总难免带有一些病原体。因此，不经过消毒处理的苗种就会把病原带入新环境，一遇合适条件，病原就会大量繁殖，从而引起鱼生病。所以在鱼苗、鱼种分塘、转塘放养前都应进行鱼体消毒，以切断传染途径，预防鱼病发生。
鱼体消毒采用药液浸洗法（或称药浴法）。常用消毒药物有漂白粉、硫酸铜、高锰酸钾、敌百虫、食盐、孔雀石绿等。
（1）漂白粉消毒：每立方水加入10～20克漂白粉（含有效氯30％，下同）搅拌均匀，放入鱼种浸洗。消毒时间视水温高低、鱼的游动情况灵活掌握，水温10～20℃，约浸洗15～30分钟。此方法主要防治细菌性皮肤病和鳃病。
（2）硫酸铜消毒：每立方水用药8克，水温10～20℃，浸洗15～30分钟。可防治鳃隐鞭虫、口丝虫、车轮虫、斜管虫、毛管虫等引起的鱼病。
（3）漂白粉和硫酸铜合剂消毒：每立方水用漂白粉10克和硫酸铜8克。两种药物应分别溶化后再混合，水温10～20℃，浸洗15～30分钟。该方法同时具有上述两方法的功效。
（4）高锰酸钾消毒：每立方水用高锰酸钾20克，水温10～20 ℃，浸洗2～2.5小时。浸洗用水应尽量选用含有机质少的清水，防止在阳光直射下浸洗，以免影响药效。可防治三代虫、指环虫、车轮虫、斜管虫等引起的鱼病。
（5）敌百虫消毒：用2‰敌百虫（90％晶体）溶液浸洗10～15分钟。可防治指环虫病、三代虫病等。
（6）食盐消毒：用3～4％浓度的食盐水浸洗5分钟，食盐对粘细菌、水霉菌及车轮虫等有杀灭效果。
（7）孔雀石绿消毒：每立方水用药10克，浸洗20～30分钟。主要防治水霉病和一部分原生动物病。
具体采用何种药物消毒，要视当地易流行的鱼病和药物来源而定。鱼体消毒时浸洗时间长，对病原的杀灭较彻底，但时间过长，水中溶氧不足，会引起鱼浮头或死亡。所以在操作过程中要特别注意鱼的动态，鱼忍受不住时，应立即将鱼放入鱼池内。
