一、抓紧修复水毁池塘和网箱、网围等设施。洪水过后池塘、网箱部分受毁，应迅速重筑池堤，修补网箱、网围，尽快恢复养殖生产能力。对因受洪水影响的机电设备，如：增氧机、水泵、照明设施、饲料加工设备也应尽快维护和保养，防止意外事故的发生。由于洪水冲刷和夹带，在行洪水区及周边的池塘常有大量淤泥，养殖业者可利用泥浆泵清除池塘和主要进排水口的淤泥，恢复正常的池塘和河道功能。
二、切实做好强降雨后水产养殖动物防疫工作。要全面对死鱼等水产养殖动物和因灾受淹池塘等进行无害化处理和消毒杀菌工作，防止死鱼等污染水体，切断传染源，预防重大水生动物疫病暴发和流行。灾后对池塘、网围和养殖工具等进行消毒可以采用二氧化氯、二溴海因、溴氯海因、强氯精、季胺盐络合碘、生石灰等消毒剂。
三、做好水质的调控工作。因洪水的作用，养殖水域可能被带入大量有害物质和泥浆，水体表现为浑浊，每亩每米水深可用2千克明矾，用水溶解后全池均匀泼洒，可达到净化水质的目的。在对养殖水体和工具等进行杀菌消毒后3天，可以向池塘中施用光合细菌、枯草芽胞杆菌和硝化细菌等微生物制剂，改良池塘水质。养殖户可根据所养殖对象不同采取相应措施，对以养殖鲢鱼、鳙鱼、鲫鱼等应以肥水为主，对养殖虾、蟹应适当降低水体浑浊度，提高透明度为主，并注意根据养殖情况增开增氧机。
四、加强水产养殖动物营养，提高免疫力。洪水过后水产养殖动物体质较差，要投喂优质新鲜饲料，并在饲料中添加维生素C和大蒜素，以增加鱼体对致病因素的内在抗病力，在投喂时一定要做到定质、定量、定位、定时。
五、重视水产养殖管理工作，及时处置异常情况。坚持早晚巡塘，观察水色变化及鱼类活动、摄食情况，及时调整投喂量；应根据不同水质情况采取换水、施肥、增氧等技术措施加以解决。
六、加强水生动物疫情的调查、监测和预警预报，做好应急准备。各有关部门应加强疫情的监测，一旦发生可疑疫情，要立即向上报告，并做好疫情预警预报和突发疫情处理的应急准备工作，确保一旦发生疫情，能迅速做出反应，就地扑灭，防止扩散蔓延。
