受精卵经1小时吸水膨胀后，就可以装入孵化桶或孵化槽中进行孵化。用塑料桶孵化时每桶装受精卵5万～10万粒。
受精卵孵化积温达100℃时，取一定数量的卵放入鉴别液中，经5分钟后，卵内可看到白色线条状胚体的卵即为受精卵发育状态。鉴别液的配制为福尔马林5毫升，甘油6毫升，冰乙酸4毫升，蒸馏水85毫升。
从时间安排上，受精卵经过半个月左右的时间到发眼期。发眼卵再经过半个月左右的时间，即能孵出仔鱼。当平均水温10℃时，孵化期全程30天左右。从受精卵至发眼卵期的日数约为孵化所需日数的一半。
孵化划分为胚盘形成期、卵裂期、胚环和胚盾出现期、体节分化期、发眼前期和发眼期6个阶段。
受精卵进行发育的前5个阶段时应保证发育卵处于安静状态。孵化的管理上应该避免日光照射和机械震动，强光和机械震动对受精卵有致死作用，散射光对发育卵也有不良影响。孵化期间要注意保持水流畅通，水质洁净，无污染。每周要有2～3次的拣卵工作，拣卵时要错开鱼卵的敏感期，要在流水中进行。
孵化用水要求水质澄清，无杂质和悬浮物，水温适宜。孵化最适水温为9～10℃，适温范围为7～13℃，孵化用水的溶氧量应高于6.5毫克/升。
此时发眼卵的管理很重要，因为发眼卵耗氧较多，即使短时间停水，也会因过于密集而造成缺氧窒息，因此孵化期间必须保证流水的供给，装运时务必带水操作。
卵对光线照射的抵抗力很弱，明亮光线照射数小时就会致死，因此一定要采取相应的避光措施，并在孵化的整个过程应保持安静，防止一切噪声的干扰，防止过于强烈的振动。
虹鳟鱼受精卵吸水膨胀后，发眼卵即将破膜的前几天，经过计数后放入孵化器进行孵化。孵化器可用孵化槽或孵化池。孵化用水自下部流经全部鱼卵后从上部溢出，整个孵化期间要使鱼卵处于安静状态，并严格采用避光措施。
进入发眼期的受精卵称为发眼卵，温度累积为220℃?日左右。发眼期胚胎对外界刺激的敏感性最低，是发育阶段上的安全期，此时可以进行长途运输。
当孵化积温达220℃?日左右，卵内眼点较清晰时，将桶内的发眼卵倒入平列槽的孵化盘内，加上遮盖物遮光。根据每槽的大小，保持一定注水量，1周左右发眼卵即可全部破膜出苗。
每天早、晚各观察1次，轻轻摇动孵化盘，便挤压在下层的鱼苗能得到翻动。调整注水量、刷洗孵化盘的多孔筛子，保持水流通畅，严防缺氧窒息。当孵化盘内表层水面出现许多油膜时，表明已大量出苗。
每万粒卵的注水量为每分钟8～10升。应及时清除死卵。当孵化槽内鱼卵开始出现破膜仔鱼时，应加强检查，做好清除卵皮和死苗的工作。注意饲育环境的清洁卫生，经常刷洗槽孔，保持水流畅通。刚孵化出来的仔鱼体质嫩弱，体色很淡，具有卵黄囊，伏卧于孵化槽底，体长15毫米左右，靠吸收卵黄囊的营养继续发育，经16～20天后，卵黄囊逐渐吸收，体表黑色素增多，游动能力增强。
从虹鳟鱼孵出至上浮期称为仔鱼；从上浮至摄食饵料，称为上浮稚鱼；摄食至5月龄左右、体重达10克左右时，称为稚鱼。
