杀灭鱼池中的青苔，最好在鱼苗放养前进行。对于清塘后的鱼池，在池中留7～10厘米深的水，并在池底各处挖掘若干个小潭。每亩水面用50～75公斤生石灰，分撒于小潭中用水化开，不等冷却，立即向四周泼洒。带水清塘的鱼池，可按每亩水面水深1米用生石灰125～150公斤计算用量。将生石灰放入箩筐里，用小船或用其他方法使箩筐在池水中移动，将生石灰均匀地散布于鱼池水体中。此外，每亩水面用50～100公斤草木灰，重点撒在青苔上面。也可使青苔得不到阳光而死亡。
如果鱼池中已经有鱼苗或成鱼，可用扑草净杀灭青苔，每亩水面平均水深1米时用扑草净1.5～2公斤，按1：100的比例用细土拌匀向池中均匀撒施。然后在晴天上午，每亩水面平均水深1米时，再用水将0.5公斤硫酸铜溶解后全池泼洒，或在晴天中午，每亩水面水深1米时用石膏粉4～5公斤，加水化成浆后全池泼洒。青苔多的地方适当多泼洒一些，两天之后可把青苔杀灭。另外，也可将松树叶浸泡后，磨碎加水搅拌成浆汁状，每亩水面每天泼洒浆汁25公斤，连泼2～3天即可杀灭青苔。
