利用沼气池肥养鱼，具有肥效高、耗氧量低、浮游生物繁殖快、鱼类生长快、鱼病少、鱼肉品质优、成本低、操作方便等优点。由于人畜粪便等物经过密封发酵，杀灭了各种病菌和寄生虫卵，使鱼健康生长，显著提高了经济效益。具体操作应注意如下几点。
一、掌握肥效。准确把握沼气肥成为高效鱼饵的时间，是夺取沼肥养鱼优质高产的关键。一般情况下，在沼气池大换料一个月后，沼气肥所含的速效氮、磷等达到高峰。将此时的沼肥施到鱼塘中，能发挥最大效益。
二、合理施用。将沼气肥的肥渣作为基肥结合清塘时施入，肥液作为追肥比较理想。它是速效性肥料，在施用上应掌握“少量多次”的原则。一般是每天施放一次，如天气炎热，水色透明度在25厘米以下，就应隔天或隔几天施放一次。在使用过程中，水色透明度应不低于20厘米。盛夏和初秋，要通过更换池水或注入新水等措施，控制水色透明度在25厘米左右。秋末则以25厘米为好。
三、品种搭配。以治肥为主的养鱼鱼塘，以投放花、白鲢鱼和鳙鱼等滤食性鱼类为好，适当搭配一些鲫、鲤、罗非鱼等杂食性鱼类。主体鱼不得低于60%，吃食性鱼类尽量少放。
四、池、塘配套。鱼塘和沼气池面积可按鱼塘：沼气池＝100：0.2-0.3的比例标准配套，避免产生鱼塘肥或沼肥过剩的现象。
