秋季气温多变，昼夜温差较大，主要养殖鱼类的病害仍处于高发期要注意防范。多数养殖生物已进入养成后期，自身污染将加重，要密切注意水质变化，定期使用消毒剂处理养殖水体，用微生态制剂改良水质。投喂优质鉰料，密切注意天气变化，及时巡塘，适时开增氧机，预防或减轻浮头。对于一些达到商品规格的品种，应及时捕捞上市，保持养殖池内合理的密度，促进养殖对象生长。
1.草鱼出血病 流行季节定期用杀菌消毒药物全池泼洒或食场泼洒，并结合内服免疫调节剂进行预防，选用毒副作用小的抗病毒药物，以避免发生不良反应或加剧病情。
2.草鱼烂鳃病、肠炎病、赤皮病 首先要改善养殖水环境来预防疾病的发生，可采用全池泼洒二氧化氯消毒剂进行养殖水体消毒：投喂6天-7天含喹诺酮类药物(环丙沙星除外)的药物进行治疗.
3.车轮虫、鱼鲺、中华鳋及锚头鳋等寄生虫性疾病 可采用硫酸铜和硫酸亚铁合剂(5：2)、晶体敌百虫，高锰酸钾等药物进行防控。
4.治疗细菌性疾病若疾病已开始流行，来不及做病原的分离和药物敏感试验，可先用一些药物投喂，随后再根据药物敏感性试验结果选择治疗药物，同时配合中草药和维生素内服，效果更好。
