无公害水产科学养殖并不复杂，就是饲养环境，生产过程和产品质量，均应符合国家有关标准的规范要求，其产品经认证，并获得国家无公害产品标志。其技术要求是养殖的池水质量符合《无公害食品淡水养殖用水水质》（NY5051）的水质改良要求，土质应符合《无公害水产品产地环境》要求，同时使用适宜水体空间，掌握好放养密度及病害防治的科学方法，养殖管理人员身体健康，严格按要求操作，使每一项工作环节都符合无公害饲养要求，从而达到增产、高效、无毒、无残留的无公害水产标准。
选择饲养环境
应选择空气清新，水源洁静充足，灌排水方便，交通较好，周边无造纸厂、酿造厂、食品加工厂以及轻纺工业等污染排放。农业方面：使用限量、限品种、限时间的人工合成化学农药、兽药、肥料、饲料、添加剂，按要求回收农膜；生活方面：少用洗涤剂或使用环保洗涤用品，节约用水，无水污染的绿色生活方式的环境条件。
池塘清整及消毒
清塘是无公害水产养殖过程中的重要环节，主要是：池塘修整，清除过多防淤泥（保持20厘米左右），池底曝晒20天以上，使淤泥中的有机物充分分解和转化，达到改良底质作用。清除敌害生物，每亩用70－80公斤生石灰，消毒或用复合微生物制剂消毒处理。
科学调节水质
一定要确保优良水质，使水体无公害。水质很容易受到施肥、投饵、施药、灌水、排水、养殖动物粪便、分泌物和水生生物繁殖生长和残骸等各种因素的影响。应用生石灰或中草药或芽孢杆菌及EM等微生态制剂调节水质，杀藻分解有害物质、调节酸碱度，肥水改良水环境。
苗种选择及消毒
水产常规品种有：草、青、鲢、鲤、鳙鱼等；高中档的中长线品种有：彭鲫、罗非鱼、斑点叉尾鮰、团头鲂、加州鲈，南美对白虾，南方大口鲶，西伯利亚鲟等；特种水产有：鳝鱼、泥鳅、珍珠蚌、鳖、绿尾龟、田螺、蟹、虾等。最好根据养殖者自身技术经验、钻研程度和市场需求，科学选择苗种。
科学放养鱼种
对水温较低，水质清瘦的塘：亩放苗种300尾左右，其中草鱼180尾，鲢鱼75尾，鲤、鲫、鳊鱼各10尾，鳙鱼20尾；对水草较多的塘：每亩放草鳊鱼各100尾，鲤、鲫、鲴、鲢、鳙各20尾；对水质较肥，天然饲料丰富的池塘每亩可放养长12厘米以上的鱼种鲢鱼250－300尾，鳙鱼50－60尾，草鱼100－150尾，鲤鱼50－60尾，鲫、鳊、鲴鱼各25－30尾，如水质非常肥，还可放300尾罗非鱼。特种水产混养：蟹虾混养；6月下旬在每亩蟹池内放2－3万尾当年培育的吓苗；鱼鳖混养，在6月上旬将温室培育的幼鳖移出放入养鱼池中，每亩放30－50只，蟹鱼混养，在养蟹池中，6月上旬放养一部分当年育成的鳜鱼种或其他肉食性鱼种每亩放50尾左右；虾贝混养，在对虾养殖池中放养文蛤或温蛏、青蛤、泥螺等。
科学投喂饲料
动物性饲料要新鲜适口，不带致病细菌；青饲料要青嫩爽口；人工配合饲料符合饲料卫生指标及限量参照《无公害食品鱼用配合饲料安全限量》标准，选用质量和规格与养殖对象相适应的优质饲料，饲料在水中要稳定，虾料4－6小时，鱼料2小时。坚持四定原则，科学投喂，根据天气，水质和摄食情况灵活掌握投喂量。
强化日常管理
加强巡塘，定期测量水温、溶氧、PH值等。调节水质，消毒杀菌，使水体保持在适宜的状态，开增氧机，使水体溶氧保持在5毫克/升以上，观察池水变化，适时排老水，加入新水，或冲水，使养殖水体保持肥活嫩爽状态。
科学防治病害
无公害水产养殖对病虫敌害生物的防治极为重要，坚持“全面预防积极治疗”的方针，预防措施主要是营造良好的生态环境对水体、饲料、食物、工具彻底消毒，遇环境剧变可全池泼洒纯中药制剂以减缓应激作用，尤其是梅雨季节，饲料易被霉菌污染，可在饲料里添加中草药制剂来增强抵抗力，民间经验有稻或藕与水产共生、种植、养殖轮作，癞哈蟆防治和混养生态防病等方法值得借签。勤巡查，及时清除敌害生物，一旦发病及早诊断，确定病因，对症下药，安全用药，科学用药，按《无公害食品，渔用药物使用准则》规定，使用高效低毒药物治疗，尽量用中草药或生物制剂，不能用抗生素。
科学用药
用药方法是否得当，对防治效果起着举足轻重的作用。用药方法有内服法（药饵法），根据水产养殖动物的病情，正确作出处方，把相应的药物拌于其喜吃且粘性较好的青料或饲料中，药物随饲料摄入机体内，治疗体内细菌感染和杀死寄生虫。另外还有全池泼洒法、挂篓法和机体浸浴法、局部涂抹法及注射法等方法，要按要求使用药的剂量和次数及时间。
注意最后停止给药日至水产品作为食品上市出售的最短时间：漂白粉大于或等于15天；二氧化氯、二氯异氰尿酸钠三氯异氰尿酸大于或等于10天；口恶喹酸大于或等于21天（鲤鱼、香鱼）大于或等于25天（馒鲡）；土霉素大于或等于21天（鲶鲡）等使其消除药物残留后，才能上市出售。
