使用药物防治鱼病过程中，常常发生效果不佳，甚至鱼类疾病更严重而导致死亡的现象。究其原因，主要有以下几种情况：
药物失效：鱼病防治用药，特别是漂白粉、生石灰易受潮失效，因此在使用前要先看性状。漂白粉应为干燥块状粉末，生石灰应为块状。必要时漂白粉要测定有效氯。平时，药物应按规定妥善保管，超过保质期的药物避免使用。
水质过肥，降低药效：有些药物如硫酸铜，按常规使用时会与水体中的丰富有机质、矿物质等发生反应而被消耗，从而降低防治效果。
病原具有抗药性：鱼类病虫害对药物的长期使用会产生抗药反应，尤其对同一种药物反复使用，抗药性的增强更为明显。在药物使用过程中各种药物交替使用是解决这一问题简单而有效的方法。
用药量不足或过量：用药前水体体积计算与称药量不准是造成用药不足与过量的主要原因。药量不足时池水达不到所需浓度，造成防治效果不佳。药量过多时会超出鱼类忍受限度，造成鱼体损伤或死亡。
用药疗程不足：有些鱼病在使用药物一个疗程后并不能起到满意的效果，而需要使用两个或更多个疗程。若疗程不足，病虫害杀灭不彻底，就会出现治愈率低或该病再次复发现象。
药物溶解不完全：固体药物药按要求充分溶解，不能有颗粒或块状物存在，以免被鱼体误食致死，同时水体也达不到规定浓度，病原体未能杀死。
未对症下药：盲目乱投药是防治鱼病的大忌。这样即达不到防治病害的目的，又会造成浪费，甚至还会起副作用。
