肉眼检查（简称目检）是诊断鱼病的主要方法之一。用肉眼找出病鱼患病部位的各种特征或一些肉眼可见的病原生物，从而诊断鱼患了什么病。
目检的部位和顺序——
体表、鳃和内脏
体表。头部：发黑，肠炎或烂鳃；白头白嘴，车轮虫或细菌性疾病。嘴：口腔是否充血，是否有锚头鳋。鳃盖：开天窗-烂鳃，是否充血。鳞片：掉落，可能是赤皮；竖起，可能是竖鳞病或寄生虫。鳍条：是否腐烂，鳍条基部是否充血，是否有孢囊，看是否有大型病原微生物及患病部位的特征症状，并把观察到的症状联系起来加以综合分析。体表有出血症状，病毒性或细菌性出血，或者应激性出血；体表有隆起，肤孢子虫或疥疮病。
鳃：鳃部重点是鳃丝。首先应注意鳃盖是否张开，然后观察鳃片的颜色是否正常，黏液是否较多，鳃丝末端是否肿大和出现腐烂现象，确定寄生虫性或细菌性烂鳃、鳃霉、鳃出血、大红鳃等病症。
内脏：内脏检查以肠道为主。将病鱼一边的肠壁打开，先观察是否有腹水和肉眼可见的寄生虫（如线虫、双线绦虫等）；其次，应仔细观察各内脏的外表，看是否正常；最后，用把咽喉部的前肠和肛门部位的后肠肠道打开，取出内脏，把肝、脾、胆和鳔等器官逐个分开，再把肠道从前肠至后肠打开，分成前、中、后三段，把肠道中的食物、粪便除去，仔细观察肠道中是否有线虫、绦虫等，肠壁上是否有粘孢子虫孢囊或球虫，若有则肠壁上会有成片或稀散的小白点；肠壁是否充血、发炎、溃烂等。肝脏发黄、发绿、发白、肿大等，肝胆综合症；腹腔有结节，诺卡氏菌病；肠道充血发红，病毒性或细菌性肠炎，或根据肠道韧性及其他症状综合判断病情；绦虫，肠袋虫，借助镜检。
