水稻上需要重点防治的病虫害主要有稻纵卷叶螟、螟虫、稻飞虱、纹枯病、稻曲病、稻瘟病等。套养龙虾的水稻田，主要通过生物、物理、生态等对龙虾无害的技术防控病虫害，如健康栽培、使用诱虫灯和诱虫板、以虾吃虫等，辅助以生物农药等对龙虾无害的药物对水稻病虫害进行防控，确保水稻用药对龙虾的安全性。
稻田套养龙虾的田块，对稻纵卷叶螟、螟虫，可以用氯虫苯甲酰胺单剂防治，每亩用纯药2克左右，适期施药有较好防效，正常施药对龙虾较安全，而且持效期长，可减少用药次数。对稻飞虱，可以每亩用50%烯啶虫胺水分散粒剂10克防治，或者按推荐用量使用氟啶虫胺腈防治。对纹枯病和稻曲病，可以适时每亩用纹曲宁井冈·枯芽菌300毫升，或每亩用丙环唑纯药5～10克防治。对稻瘟病，可以每亩用75%三环唑可湿性粉剂40克防治。
江苏省农科院农业资源与环境研究所朱普平研究团队通过试验，总结了套养龙虾稻田病虫生态绿色防治技术。在水稻分蘖拔节期，每亩用纹曲宁井冈·枯芽菌300毫升、35%氯虫苯甲酰胺水分散粒剂6克、75%三环唑可湿性粉剂40克，防治稻瘟病、纹枯病、螟虫、稻纵卷叶螟。在水稻破口前5～7天，每亩用“纹曲宁”300毫升、35%氯虫苯甲酰胺6克、50%烯啶虫胺水分散粒剂10克，防治稻曲病、纹枯病、稻飞虱、稻纵卷叶螟、螟虫。在水稻抽穗扬花期，每亩用“纹曲宁”300毫升、35%氯虫苯甲酰胺6克、50%烯啶虫胺10克、75%三环唑40克，防治稻瘟病、稻飞虱、稻纵卷叶螟等。
