重视基础研究
国家水产行业主管部门对于抗生素类药物在养殖水生动物疾病防治中的科学应用要制订一个较为系统而相对长期的研究计划，力争利用3年~5年时间，通过组织相关研究机构和人员，面向水产养殖实际生产中的疾病防治问题，重点开展抗生素类水产用兽药实用技术研究，为水生动物养殖业者提供实际可操作的疾病防控技术。同时，要组织有一定技术水平的研究机构和人员开展病原微生物对抗菌药物敏感性变化的常年监测，因为这种数据是水生动物执业兽医在诊疗活动中决定采用什么药物、使用何种剂量控制疾病的基础资料，是科学、精准使用水产用兽药中抗生素类药物的基础。
坚持常年监测
农业农村部为了贯彻落实《遏制细菌耐药性国家行动计划(2016-2020年)》，颁布了《2017年动物源细菌耐药性监测计划》，在全国范围内开展对动物源细菌耐药性的监测工作，根据病原细菌对各种抗菌药物耐药性变化的具体情况，制定兽用抗菌药物的管理对策与科学使用原则、方法，旨在保证动物源性食品和公共卫生的安全，维护广大消费者的健康。
病原微生物产生耐药性是抗微生物兽药经过较长期使用后必然出现的现象。随着这些药物在水产养殖中应用数量增多和时间的延长，水生动物的致病菌对各种抗生素的耐药性也在不断变化。因此，对养殖水域中病原菌对各种抗菌药物的耐药性进行监测，及时了解致病菌耐药性的变化趋势，对于正确选用药物和确定各种药物的使用剂量是十分重要的。没有这样的资料，是根本不可能做到科学、规范使用水产用兽药中抗生素类药物的。
从2015年开始，全国水产技术推广总站带领北京市、天津市、江苏省、辽宁省和浙江省的水产技术推广站在全国率先开始对养殖水生动物致病菌耐药性普查工作，2016年在全国12个省市展开。这是一项需要长期坚持下去的工作，因为这项工作的成果不仅对于指导科学、规范地使用抗生素类渔药是必不可少的，对于新的水产用药物的开发以及避免养殖水生动物致病菌耐药性的快速形成，也具有重要意义。
加强监督管理
要杜绝在水产养殖过程中使用禁用药物，要在水生动物执业兽医的指导下科学地选择和使用各种水产用兽药中抗生素类药物。近年来，农业农村部兽药管理部门已经陆续禁止了一部分抗菌药物在水产养殖中使用，如磺胺脒、呋喃唑酮、氯霉素、环丙沙星、喹乙醇等。但是只采取出现问题就禁止使用该药物的措施不能解决根本问题。
执业兽医尽快上岗
要做到准确地诊断疾病，需要具备专业知识的技术人员参与水生养殖动物疾病的诊疗活动。确定养殖水生动物疾病的病原体和对疾病做出正确的诊断，是正确选用药物和获得良好药物疗效的基础。由于在水产养殖业中经验性地采用药物治疗也确实能解决一部分疾病的治疗问题，因此，许多养殖业者愈来愈不重视对疾病作病原学的检测。也正是因为在使用药物之前，对导致疾病发生的病原体不清楚，最终导致因选用药物的针对性不强而造成药品浪费，以致引起菌群失调、增加养殖水体和养殖动物体内耐药菌的数量。
重视自身免疫功能
在饲养过程中重视增强水生动物自身的免疫功能。药物往往对有效控制疾病起重要的作用，但任何药物在疾病的治疗中都不是决定疗效的唯一因素。其实，决定疗效的重要因素是水生动物的内因，是机体的免疫功能和对病原体的抵抗力。毫无疑问，只有在养殖水生动物自身的免疫系统没有被完全摧毁而仍然存在免疫防御能力的前提下，药物才能发挥其治疗疾病的最佳作用。因此，在养殖水生动物的疾病流行期间，应注意采取措施（如在饲料中添加适宜的免疫刺激剂等）以增强饲养动物的免疫防御机能。国家有关部门要支持科研单位、渔药生产企业开展一些渔用免疫增强剂的研究工作，筛选一批具有使用价值的渔用免疫增强剂。
杜绝错误防控疾病
水产用兽药中抗生素类药物不是用来预防疾病的药物。当使用的某种水产用兽药不能达到抑制或者杀灭致病微生物的浓度时，就只能导致病原微生物产生对这种药物的耐药性。
无论从提高我国人民的生活水平、促进国民身体健康，还是从解决我国“三农”问题的角度出发，水产养殖业的健康、可持续发展都是必不可少的。在水产用疫苗等尚难以满足养殖水生动物各种传染性疾病防控的现状下，对于养殖水生动物的细菌性疾病采用抗生素类药物治疗，在全世界范围内也是通行的技术手段。在我国，为了养殖水产品的质量安全而提倡“无抗养殖”，面对当下养殖水生动物严峻的病害肆虐形势，让养殖业者完全不使用抗菌类药物是有困难的。我们需要考虑的是如何科学、规范、有效地使用这类药物。因为，只有真正做到了科学、规范、有效地使用抗生素类药物，才能避免因为抗生素类药物在养殖水产品体内残留而导致水产品质量安全问题，也只有真正做到了科学、规范、有效地使用这类药物，才能避免或者减少养殖水生动物致病菌耐药性问题的发生。
