在稻田中养鱼后，虽然鱼能吃掉部分害虫，但为了保证水稻的高产稳产，还需要使用农药防治水稻病虫害。在养鱼稻田中施用农药，既要有效地防治水稻病虫害，又要保证鱼类的安全，减少对水环境的污染。因此，必须做到以下几点。
1、选用高效、低毒、低残留、广谱性农药，禁止使用对鱼类高毒的农药品种；应多选用水剂或油剂，少用或不用粉剂农药。
不同种农药尽量交替使用，既可预防病虫害产生抗药性，也可减少农药在稻、鱼体内的残留量。
常用的高效低毒低残留的农药有：敌百虫、乐果、杀虫双、叶蝉散、井冈霉素、叶枯净等。毒杀酚、稻丰散、除虫菊、鱼藤精、波尔多液等毒性较大，禁止使用。总的来说，一般有机磷农药毒性比较低，可适量使用；有机氯农药毒性比较高，尽量少用或不用。
2、根据水稻病虫害发生情况，适时使用农药，正确计算用药量，严格掌握用药剂量和次数。
3、采取综合防治措施，除采用化学农药防治外，应提倡生物防治和微生物农药防治，以有利于保护稻田生态环境，保护害虫的天敌，减少化学农药用量以及残留引起的污染。同时要正确掌握农药的正常使用量和对鱼类的安全浓度，这样才能在施用农药时保证鱼类的安全。
4、施药方法要得当。可根据具体情况，有选择地使用下述方法进行施药。
（1）深水施药法
在养鱼稻田中施用农药前先将田水加深，淹过田面7～10厘米，如农药的浓度较大，可将田水再加深一些，稀释药液在水中的浓度，降低或避免对鱼的危害。用孔径较小的喷雾器，喷头要向上，横扫水稻茎叶，将药物尽量喷洒在水稻叶面上，减少农药落入田水中。
（2）排水施药法
用药前将田水放掉，露出田面，使鱼集中在鱼沟、鱼溜中，然后施药，注意农药不能施入鱼沟、鱼溜中。待田中农药毒性降解后，再往田里加水至正常深度。
（3）隔天分段施药法
先在半块田或田的某一部分打药，鱼可逃避至未打药的另一部分田中，隔天再在另外一部分田中施药。
（4）流水施药法
施农药时也可把进水口和出水口打开，让田水流动，先从出水口的一头施药，施到田中间停一下，使被污染的田水流出去后，再从中间施到进水口处结束。
（5）择时施药法
使用粉剂农药要在上午喷药，因为早上稻叶、稻秆上有露水，可粘附大部分粉剂，从而减少农药落入水中。使用水剂、乳剂农药宜在下午4时后施用；夏季高温宜在下午5时后喷药，可减轻农药对鱼类的毒害。下雨或下雨前不要喷洒农药，否则农药会被雨水冲刷进入田水中，容易导致鱼类中毒。
施药后要密切注意鱼类的活动情况，如发现有中毒症状，必须立即加注新水，最好边灌注新水边排出部分田水，稀释水中药物浓度，避免鱼类中毒致死。
