蓝藻爆发时，会在水面形成一层蓝绿色带腥臭味的浮沫，即“水华”。“水华”的出现，会加剧水质恶化，对水产动物以及人、畜均有较大危害，严重时会造成鱼缺氧死亡，要抓紧治理。
及时打捞，变废为宝一旦蓝藻爆发，打捞是应急处理的第一步。然后将蓝藻有效絮凝、沉降和大量收集，并辅助以常规的肥料制作技术，即可制成有机肥料。
药物防治藻类的长期治理主要是去除水体中的源磷以及防止外部源磷进入水体，减少水中的营养物质。短期治理和控制藻类的疯长，可采用除草剂等药物抑灭。药物的选择要事先经过科学实验和严格管理，看其对非设定杀除的品种、人类健康、环境保护等是否有潜在的负面影响，并要经过有关部门审批备案后才能使用，绝不能选用一时有效但遗患无穷的金属盐类和有机药剂。
生态防治主要指通过细菌、水生物吸收利用氨、磷元素进行代谢活动这一自然过程，达到去除水中营养物质的方法。如向水体投放氨化细菌、硝化细菌和反硝化细菌，以降解水中的氨氮和有机物，从而抑制藻类的异常生长；向水体投放复合微生物，以利用水中氮、磷及有机污染物，从而形成微生物—浮游生物—水生动物的生态系统，达到抑制藻类生长的目的。对已抑制蓝藻疯长、初步恢复生态平衡的浅水型湖泊，有选择地种植高等水生植物，放养草食性和滤食性鱼，以达到部分去除氮、磷的目的。
