网箱养鱼因水的流动，消毒难度相对较大。下面介绍几种实用的消毒方法：
一、整箱鱼药浴法。该法适用于小体积网箱，网箱规格以4米×4米以下为宜，网箱的沉子为镀锌钢管方框，要能自由提取。以4米×4米的网箱为例，用塑料编织袋做一个5.5米×5.5米或6米×6米的大篷布（保证基本不漏水或很少漏水）备用。消毒时，将网箱底部（方框沉子）提至离水面1.5米处，将大篷布自网箱底部套过，将网箱兜起，形成一个约4米×4米×1.5米的基本稳定的水体，然后施药，待用药时间达到后，再抽出篷布，放下沉子，使网箱恢复原样。这种方法极适合给易受伤和感染的鱼类消毒，如鲈鱼和牙鲆。消毒药物最好选用福尔马林，其次为漂白粉和高锰酸钾。用量和消毒时间分别为：福尔马林液，浓度为100×10-6-300×10-6，消毒时间为5-30分钟；漂白粉液，浓度为3×10-6-5×10-6，消毒时间为3-5分钟；高锰酸钾液，浓度为8×10-6-10×10-6，消毒时间为3分钟。若药浴目的只是杀灭寄生虫，用浓度为0.5×10-6-1×10-6的敌百虫液泼洒即可。
二、挂袋法。该法适合于大个网箱和网箱群，药物多为固体易溶类。可将药物盛在袋或篓内，挂在网箱的水域内，让其慢慢溶化扩散。采取多点少量的原则。此法多在预防或病情较轻时采用，一般需挂袋数天。
三、涂抹法。适用于生性活泼的鱼类，如黑裙、黑鲷等。常用药物及浓度：福尔马林液，浓度为30×10-6-40×10-6；高锰酸钾液，浓度为3×10-6-4×10-6；漂白粉液，浓度为；1×10-6-2×10-6；硫酸铜和硫酸亚铁合剂液，浓度为0.5×10-6-0.7×10-6；敌百虫液，浓度为0.3×10-6-0.5×10-6。以上药物任选一种，涂抹时注意不要让药液流入鱼的口和鳃中。
四、个体药浴法。将鱼捞到配好药液的小容器内浸浴，一般用于苗种放养、运输或转移前的消毒。仅适用于生性活泼的鱼类。
