一、控制水质
控制养殖用水质量通常采用拦网和沉淀两种方法。拦网：即在水源进水口设置用筛绢网制成的进水网，防止敌害微生物、漂浮物和悬浮物进入；网目大小一般用40~60目尼龙筛绢网；沉淀：在养殖区设置沉淀池，利用沉降和上浮作用，净化水质，并把悬浮物从水中分离出来。尤其是养殖面积大、水源浑浊的水体，在进水处设置沉淀池，并在池中种植水草效果更好。
二、清淤消毒
放养前彻底清淤、消毒、曝晒，将硫化氢、氨氮等有害物质降解，改善水质和底质。
三、生态养殖
大面积虾蟹养殖水体中移植少量水草，为虾蟹提供植物性饲料和栖息环境，促进蜕壳，调节水质。根据环境和水体交换条件、养殖品种、苗种规格、养殖方式等合理放养，调整养殖结构。
四、微生物制剂抑菌
1、主要成份：主要是一些从自然界中分离出来的微微生物经培养、复壮复合而成。这些微微生物主要是：光合细菌、硝化菌、亚硝化菌、反硝化菌、芽孢杆菌及一些维生素和微量元素。
2、作用机理：微生物制剂因含有多种有益菌，利用它们的协同作用，直接作用于水体中的污染物，降低水中的氨氮、亚硝基，分解池底残饵及排泄物等有机物，降低水体的富营养化成程度，彻底降解水中的氨氮、消除硫化氢等有害物质，抑制致病菌及有害藻类的生长，从而保持了养殖水体的自然平衡。
3、适用水域：因为这些微微生物对盐度的适应范围广，一般在0~40的盐度中生长和繁殖，所以使用于海淡水养殖。
五、微生物及制剂在水产养殖中的作用
向养殖池中施微生物制剂，将有机污染物氧化分解，使水质净化。
1、降解有机、物净化水质：养成期的养殖水体内会残留大量残饵、粪便、动植物尸体等有机物，它们在厌氧菌的作用下分解产生氨、硫化氢等有毒无机物，危害水产动物的生长。微生物水质净化剂在微生物代谢过程中具有气化、氨化、硝化、反硝化、解磷和固氮等作用，能将无机物质分解为二氧化碳、硝酸盐等无毒物质，最终被水体中的微藻利用，起到净水质的作用，目前常用的水质净化剂有复合EM菌、光合细菌、芽孢杆菌、复合芽孢杆菌。
2、改良底质：池底的剩余有机物在低溶氧的状态下分解产生氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有毒物质，我们在养殖过程中常用硫化氢氧化细菌分解氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质，进而改良养殖池的底部环境。
3、调节水生动物肠道：通过竞争作用，调节宿主体内菌群结构，抑制有害菌的生长，减少和预防疾病的发生。有益菌进入水生动物体内后，在动物肠道内分解产生生物酶和有益菌群，与致病菌争夺生存空间，定居部位及营养素等。
4、防止水生动物体内有毒物质的积累：水生动物机体在受到某些刺激而产生应激反应时，会导致肠道内的微生态环境失调，如肠道内需氧菌增加并使蛋白质分解产生胺、氨等有毒物质，从而使水生动物表现出病理状态。乳酸菌、链球菌、芽孢杆菌等可以阻止毒性胺和氨的合成。多数好氧菌产生超氧化物歧化酶（SOD），可帮助水生动物消除氧自由基。有些芽孢杆菌可在水生动物肠道内产生氨基酸化酶及分解硫化物的酶类，从而分解因饲料不妥善管理而带来的黄曲霉菌，减少对虾生长缓慢和食物中毒现象。
5、提高水生动物机体免疫力：能起到机体免疫激活剂的作用，能刺激水生动物产生干扰素，提高免疫球蛋白浓度和巨噬细胞的活性，通过非特异性免疫调节因子激发机体免疫力的增强。水生动物口服益生菌后，调节肠道内菌群结构，使肠道内的微生态平衡加以改善，活化肠粘膜内的相关淋巴组织，使自身抗体分泌增强，提高免疫识别能力，并诱导淋巴细胞再循环而活化全身的免疫系统而增强机体免疫力。
6、促进水生动物生长：微生物制剂对养殖水生动物的生长有一定的促进作用。
作为饲料添加剂的微生物制剂，其菌体含有大量的营养物质，如蛋白质、矿物质和维生素等，为养殖动物补充营养。光合细菌的粗蛋白质含量高达65%，富含B族维生素、泛酸、生物素、叶酸、类胡萝卜素、钙、磷和多种微量元素及辅酶等。再者，一些微生物在发酵或代谢过程中产生促生长类活性物质、产生酶类并提高水生动物体内消化酶的活性，有助于水生动物对食物的消化和吸收，促进其生长和发育。
六、微生物制剂的使用：各生产厂家生产销售的产品都有较为详尽的使用说明，可按说明使用。一般情况下，在使用时应注意以下问题：①投放微生物制剂前3天，后5天内避免使用抗生素药物及消毒剂。②投放时水温应在15℃以上。③根据水质情况决定用量，水质好可少施，水质差可加倍使用。④液体微生物制剂使用前应充分摇匀。⑤内服作为饲料添加剂，一般水剂用量1%，粉剂用量为0.5%。先用水稀释后，再喷淋饲料投喂。
