很多病原体对鱼体不表现出明显症状，因此单纯凭目检，显然是不够的，还需结合镜检确定病原。检查方法有两种。
玻片压展法:用两片厚度3-4毫米，大小约6厘米×12厘米的玻片，先将体表黏液刮取物、肠管内含物、内脏器官等，放在其中一片玻片上，滴加适量的清水或盐水(体外器官或黏液用清水；体内器官、组织或内含物用0.65%食盐水)，用另一片玻片将它压成透明的薄层，即可放在解剖镜或低倍显微镜下检查，如发现病原体或某些可疑的病状，仔细用镊子或解剖针、微吸管，将其从薄层中取出来，放在盛有清水或食盐水的培养皿里，进一步加以观察和处理。
载玻片压展法:用小剪刀或镊子取出一小滴内含物或一小块组织置于载玻片上，滴加一小滴水或生理盐水，盖上盖玻片，轻轻压平后，先在低倍显微镜下检查，发现寄生虫或可疑现象时，再用高倍显微镜仔细检查。
镜检时，除病毒病原体需通过电子显微镜才能观察到，一般的细菌病原体，在光镜下可以检查出来。但单凭观察形态，还不能确定它们的种类。必要时需要进行分离、纯培养以及感染实验来确定病原。
