鱼类寄生虫种类繁多，但大部分都是条件致病性。有的寄生虫具有专一性，只能寄生在特定寄主（鱼类）上，但一种鱼却能被多种寄生虫寄生。鱼类被寄生虫寄生之后，常常引起食欲下降、呼吸困难、身体发炎、贫血等进而导致死亡。对于寄生虫防治，主要是切断传染源，保持水质底质良好，提高鱼体自身的免疫力和抵抗力，做好各阶段的消毒工作等。切记，不要等到寄生虫病发严重了才开始杀虫，因为杀虫不仅风险大而且对鱼的生长繁育都有很大影响，一些杀虫药也容易杀死水里的部分浮游生物引起水体失衡而使水质变差，因此对于寄生虫病要以预防为主，以养水保健为主。
车轮虫
车轮虫属纤毛门，缘毛目，车轮虫科。虫体侧面观如毡帽状，反面观圆碟形，运动时如车轮转动样，隆起的一面为前面或称为口面，相对凹入的一面为后面或称反口面。车轮虫用附着盘附着在鱼的鳃丝或皮肤上，并来回滑动，有时离开宿主在水中自由游泳。游泳时一般用反口面向前像车轮一样转动，所以叫车轮虫。车轮虫一年四季均可检查到，流行于4月～7月，但以夏、秋为流行盛季，其适宜水温20℃～28℃，常寄生鱼的鳃上和鳍条上，鱼苗可出现“白头白嘴”或“跑马”（环游不止）症状。生活在优良环境的健康鱼体上车轮虫即便存在也是数量很少；但在环境不良时，例如水体小、放养密度过大等，或鱼体受伤及发生其他疾病，身体衰弱时，则车轮虫往往大量繁殖，成为病害。在显微镜下看到少量虫体影响不大，不用盲目杀虫，因为少量虫体附着在鳃上是常见现象。镜检时4×10倍显微镜视野下超过10个以上即可确认发病。
预防：放苗前注意检查，放养密度不能过大，减少鱼体机械损伤，提高鱼体免疫力，保持水质良好。
治疗：硫酸铜和硫酸亚铁合剂（5:2）全池泼洒，或者使用福尔马林全池泼洒。市面上专杀车轮虫的特效药，鳜鱼用时要谨慎。
鳃霉
鳃霉菌侵入鱼体鳃部从而引起鱼类发病，即为鳃霉病。鳃霉病是鱼的一种常见病，此病常发生在有机质含量很高、水质较差的水体，常在5月～10月发生，6月～7月份为发病高峰，发病率可达70%～80%，死亡率可达90%上，危害严重。
预防：经常保持水质清新，防止水质恶化，定期全池遍洒生石灰。
治疗：用霉菌净或禽用红霉素全池泼洒。
小瓜虫
小瓜虫属原生动物门、纤毛虫纲、凹口科、小瓜虫属，主要寄生在鱼类的皮肤、鳍、鳃、头、口腔及眼等部位，形成胞囊呈白色小点状，肉眼可见。严重时鱼体浑身可见小白点，又称白点病。显微镜下，小瓜虫呈球形滋养体，细胞核呈马蹄形。
预防：定期清洗网箱并消毒，日常饲喂应加强营养，提高鱼体抵抗力。
治疗：使用槟榔药包挂于网箱四周进行治疗，挂袋前清洗网箱，药物治疗需按疗程连续使用。
累枝虫
累枝虫属原生生物，因其生长形态类似树枝状故名累枝虫。个体形态似钟形，柄直而粗、透明无肌丝，群体柄不收缩。累枝虫一般固着生长于菌胶团，依靠钟体上的纤毛来捕食食物，并具有伸缩性，以细菌为食物来源，特别喜好摄食大肠杆菌、假单胞杆菌等。累枝虫与独缩虫、聚缩虫和钟形虫一旦附生在虾蟹类体表、附肢、眼和鳃上，就会引起虾蟹发病，即为纤毛虫病。
预防：养殖用水严格杀虫消毒，合理投喂饲料并增强鱼体免疫抵抗力。
治疗：使用福尔马林和百菌虫克混合全池均匀泼洒。
独缩虫
独缩虫是一种单细胞原生动物，属钟虫类，具有体积小结构复杂的特点，可以将有机物摄入食胞器官加以分解，具有净化污水的能力，故在污水处理中有重要作用。独缩虫与累枝虫、聚缩虫和钟形虫一旦附生在虾蟹类体表、附肢、眼和鳃上，从而引起虾蟹发病，即为纤毛虫病。
预防：每半月泼洒一次生石灰，长期保持池水肥、活、爽。
治疗：全池泼洒1ppm硫酸锌或1ppm甲壳净。
指环虫
指环虫属蠕虫类寄生虫，是一种常见的寄生虫，主要靠虫卵及幼虫传播。流行于春末夏初，适宜温度为20℃～25℃。大量寄生时，病鱼鳃丝黏液增多，鳃丝肿胀、苍白色、贫血。病鱼鳃盖张开，呼吸困难，游动缓慢而死。主要危害鲢，鳙及草鱼，市场上检查草鱼时常见。
预防：放苗前用高锰酸钾浸泡十几分钟，放养密度适中，保持水质良好。
治疗：全池泼洒晶体敌百虫，或使用市面上专杀指环虫特效药。
黏孢子虫
黏孢子虫指黏孢子纲的一大类原虫，在我国淡水鱼中已发现300多种，几乎每种鱼都有寄生，可侵袭鱼体内外各种组织和器官，为鱼类常见的寄生虫。黏孢子虫在鱼体寄生、繁殖和形成胞囊，导致寄生组织器官的损伤，破坏其正常机能，引起相应的症状，影响鱼的生长发育，甚至死亡。黏孢子虫以水蚯蚓为中间宿主才能繁殖，成熟的孢子很难杀，容易形成抗药性。当今黏孢子虫还没有特效药能够杀的彻底。
预防：彻底清除水中水蚯蚓。
治疗：外用硫酸铜、敌百虫杀，内服盐酸氯苯胍、地克珠利、青蒿素等。
