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修复养殖设施
洪水过后池塘、网箱部分受毁，应迅速重筑池堤，修补网箱、网围，尽快恢复养殖生产能力。对因受洪水影响的机电设备，如增氧机、水泵、照明设施、饲料加工设备也应尽快维护和保养，防止意外事故的发生。由于洪水冲刷和夹带，在行洪水区及周边的池塘常有大量淤泥，可用泥浆泵清除池塘和主要进排水口淤泥，恢复正常的池塘和河道功能。
在洪灾过后恢复生产的关键时期，要坚持早晚巡塘，观察记录水产动物的活动、摄食、体色及水质、天气变化等情况，及时捞出患病水产动物，检查其体表症状，咨询专家，分析原因，采取相应的对策。深埋病死鱼等水产动物、集中高温处理或集中用高浓度消毒剂处理，切忌将病死水产动物随便乱扔，坚持对捕捞工具、器皿、人员进行消毒处理，加强水灾后渔业公共卫生与健康管理措施，防止疫病暴发或扩大化。
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加强水质管理
水灾过后的养殖水体，因流入大量泥浆、地表有毒有害物质等，水体浑浊，透明度低，为防止灾后疫情爆发与传播，应对过水后的池塘、网围、养殖水体进行及时消毒处理，防治细菌病、病毒病的发生与蔓延。消毒前可使用净水底改剂进行净水，再使用二氧化氯消毒。消毒可用1国际单位漂白粉，0.1～0.2国际单位强氯糖或优氯净全池泼洒，过一个星期再用20国际单位生石灰全池泼洒。对于没有被洪水淹过的池塘，由于夏季气温高，水质容易恶化，也要经常换水，定期施用消毒剂，一般情况每半个月使用一次。
水体消毒剂一般有氯制剂、碘制剂、生石灰、醛制剂等。防治细菌病时，氯制剂、生石灰效果明显；防治草鱼鱼种出血病时，碘制剂、醛制剂效果显著。为改善水质与防治细菌性烂鳃病，漂白粉可按每升l毫克剂量全池泼洒；强氯精或二氧化氯等氯制剂按每升0.1～0.2毫克全池泼洒；生石灰使用剂量为每升20～30毫克全池泼洒。在使用生石灰时，注意水体酸碱值，一般酸碱值高于8.5时，不建议泼洒生石灰，可用氯制剂。
洪水过后池塘普遍浑浊，水质较差，养殖户可根据养殖对象不同采取相应措施，改善水质条件。对养殖鲢鱼、鳙鱼、鲫鱼等池塘应以肥水为主；对养殖虾、蟹为主的应适当降低水体浑浊度，提高透明度为主。在对池塘进行消毒处理后5天左右，可以使用光合细菌、枯草芽孢杆菌和硝化细菌等微生态剂，改良池塘水质。水灾过后，鱼体大多还处于应激状态，可全池泼洒维生素C或葡萄糖制剂，缓解养殖动物对环境变化产生的应激反应。
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增加营养水平
水灾发生后，鱼、虾等受到风浪惊吓，易引起应激反应。同时养殖水体环境理化指标发生变化增加了应激反应。水灾过后，水产动物往往进食减少，营养摄入不足，机体生理功能紊乱，免疫力随之下降，容易引起各种病原生物的感染，应增加营养，提升应激能力，减少灾后死亡发生。
连续暴雨导致水体中的浮游植物、藻类等不能进行正常的光合作用，加之水体中有害物质积累，亚硝酸盐等升高，容易引发倒藻，可用护水解度酸对水质进行调节，待水质稳定后进行重新育藻培藻，每亩泼洒1000毫升绿藻源，同时配合使用育藻肥水素每亩（1米水深）100～150毫升或高能调水素每亩（1米水深）150～200毫升，使水体藻类尽快恢复正常状态。
保证饲料先进先出，避免饲料储藏过久。使用常规饲料进行投喂时，一定要注意把握“四定”原则，即：定质、定量、定位、定时。天晴后不能立马恢复下雨前的投喂量，可按照雨前30%，50%，70%，100%比例逐步回升，每个比例控制在1～2天内，逐步恢复投喂量，配合内服，整体恢复鱼体体质和吃食情况。在投喂青饲料时，要用漂白粉等进行消毒处理。使用精饲料等配合饲料时，可添加复合维生素，以增加鱼体抗应激反应能力和对病原感染抗病力。
此期水产动物体质较差，确保采用优质饲料，保证营养摄入，提升机体抵抗力。可投喂维生素C，一次量为每公斤饲料1克，拌饲投喂，每天2～3次，连用5～7天。如针对对虾养殖，建议采用通威虾肝强，此类功能性饲料，既满足营养需求，又可增强对虾抗应激能力及提升机体抗力。
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防控流行疫病
暴雨过后养殖环境、养殖水体突然变化以及池底有害物质大量上翻，对养殖动物应激非常大，此时应降低养殖动物的应激反应，可使用解毒应激灵每亩水体150～200克化水后全池泼洒或每公斤饲料中添加1～3克拌饵投喂，宜开动增氧机在补充溶氧同时使水体改善温度盐度等分层现象。
对未发病的池塘及时做好预防措施，池塘水体和底部可用鼎冠二氧化氯进行消毒，同时内服“抗生素+护肝药品”提前预防出血病；对已发病的池塘，要根据鱼体死亡症状进行综合判断，可先对水体进行解毒，再消毒和内服。解毒主要针对灾后死亡藻类分泌的藻毒素、底部硫化氢和其他有毒有害物质，水体宜用鼎冠二氧化氯进行消毒。可内服抗应激保健药物及相关病症抗生素杀灭体内细菌+肝肠利健进行内服，周期5天。
计划分箱、转池、捕捞运输时，应提前投喂一段时间的抗应激药物，如适当加大胆碱、泛酸、烟酸、延胡索酸琥珀酸钠、中药黄芪、刺五加等以增强鱼体抗应激能力。恢复鱼体体质时要内服“抗生素+肝肠利健”做好预防，再进行一次常规内服保健，稳定肠道和肝脏。可考虑内服维生素C、中草药、免疫多糖，提高鱼虾抗应激、抗病能力。
在水产养殖动物恢复健康期间，每公斤饲料可添加肠舒宁2～3克，1日2次；或肝胆康2～3克，连用3～5天，稳定水产养殖动物肠道和肝脏健康，以防止继发性疾病的大面积爆发，对虾在投喂饵料中可添加高稳易还原维生素C。
