在我国水产养殖业进入快速发展、集约化养殖不断扩大、产量大幅度提高的同时也带来负面影响——养殖水体严重污染。养殖水体污染是由人类的养殖活动，养殖对象自身分泌、排泄，饵料过剩等因素造成，水质因子平衡失调，促使病原菌大量滋生，引起多种水产疾病频发：
1.水体富营养化引起有利藻类生长被毒害藻类生长所替代，改变了藻类种群，水体毒性增强，水体溶氧剧烈波动及鱼类疾病的并发。
2.重金属的富集、吸附作用影响水生生物的生长，如水体受重金属（汞、铅、镉等）及其他有毒物质（如氯化物、砷化物、亚硝酸盐等）污染，易引起各种中毒和疾病。
3.环境遭到破坏，水化因子改变，水体恶化，影响鱼类生长和鱼产品质量等。
养殖水体污染类型及来源
养殖水体自身污染：营养调控不当造成水体污染，由于投喂饲料的单一性，饲料中营养元素成分不齐全，饵料系数偏高，摄食量下降导致残饵过多，影响鱼类生长，易造成传染性疾病和营养性疾病。随着养殖密度的增加、投饵量增大、水体负载超过饱和程度；养殖生产中饵料过剩，产生大量氮、磷等营养元素，水体富营养化，有害藻类暴发性生长；水体溶氧日差大，易缺氧；此外，营养物质的不平衡，养殖种类氨、氮排泄物过多，磷的有效吸收较低等都是营养不当带来的污染。
药物的滥用：养殖规模和面积不断扩大，病害流行日趋严重。目前，水产疾病防治技术的滞后及养殖户用药知识匮乏，导致大部分养殖户不能对症下药，不能仔细分析病因，滥用价格低廉、残留严重的各种抗生素、化工原料等。这样不但对治疗鱼病无效，反而带来严重的污染及毒害作用，使细菌、病毒等产生耐药性而大量繁殖，疫病蔓延，影响水产品品质。有些药物虽然对治愈病害起到一定作用，但造成水体严重污染，且很大程度上破坏水体环境及水产养殖品种体内微生态平衡，使养殖对象失去一些正常生理屏障及生物拮抗作用，病原菌易于繁殖，鱼产品质量不能达到健康养殖标准。
外源性污染：工农业生产污水和居民生活废水、废物常常未经处理就直接排入江河、湖泊、海洋等，成为污染渔业水域生态环境的主要原因之一。生活污水中铁、锰、氢氧化物悬浮物所引起的浑浊，虽不产生直接危害，却能降低水体透明度，减少太阳辐射，限制了鱼类正常活动和摄食；生活污水中有机物大量富集出现，水体富营养化而导致鱼类缺氧浮头。
工业废水对渔类污染具有毁灭性危害，造纸厂的硫化物可致死鱼类；农药厂的产品和原料毒害作用比较大；热电厂的废水是热污染主要来源，引起水温聚升，使鱼种群改变或死亡；电镀等行业中产生含氰化物废水，合成洗涤剂的废水等都具有严重的危害性。
有毒物质的污染：水体中各种有毒物质，如饲料污染中的硫化氢、氨氮等有害物质，工业污染中的氰化物、铬、铜、洗涤剂等有毒物质进入水体后都会不同程度影响水生生物。浓度过高，会迅速直接杀死水生生物，浓度低，先富集于生物体内，进而转化产生危害。
病原微生物污染：由于养殖过程中的不合理养殖管理模式，如长期不清淤、大量投喂鲜饵、放养密度过大、养殖容量超载等，导致底质中有机物含量过高，病原微生物大量繁殖引起污染。如，在寄生虫性病害中，以有机质细菌为主食的孢子类、鞭毛类等原生动物大量繁殖；在病毒性病害中，南美白对虾、日本对虾等养殖中流行以白斑综合征为主的对虾病毒；在细菌性病中，弧菌、假单胞菌等给水产养殖动物带来直接或间接危害；病原微生物直接致病，与治病过程中带来的药物污染一起破坏水体，危害鱼类。
养殖水体污染预防控制措施
养殖水体自身的调控：自身调控可以通过合理确定养殖规模和养殖方式来防止养殖过量造成养殖水体的自身污染，综合考虑营养水平、药物污染、底质淤泥状况等因素来进行预防控制。
首先，对养殖水体污染状况、水体自净能力、各种有毒有害物质安全浓度、最大允许浓度及生活和工业废水排放标准等做全面研究与评价。
其次，通过营养调控降低养殖水体污染，缓解水体富营养化，减少富营养化带来的藻类繁殖、藻类种群变化及水体环境因子改变；提高水产动物对营养物质利用率，在饲料中充分完善营养成分，添加诱食剂，提高饲料的适口性增加鱼类摄食量；增加饲料耐水性，减缓其溶于水的速度，以防饵料既未被鱼类摄食又污染水质；注意适时投料和科学混养。
再次，防治水产生物病害的药物污染，科学使用水产药物，综合分析鱼体状况，水质情况，药物作用，得出正确治疗方案、用药方法。
最后，在底质淤泥进行清理及消毒时，针对底泥物理性状，污染程度不同进行消毒，以期改善底泥理化指标，再恢复底栖生物群落。
生物修复：生物修复是一种通过微生物、植物等多种动植物对水体中污染物进行降解，改善水域环境，维持水域生态平衡新的改善养殖水体方法。微生物制剂是水产养殖中广泛应用的一种生物修复方法，一是拌饵投喂，以改善鱼虾肠道微生物菌群、提高鱼虾消化率、增强鱼虾免疫力的饲料微生物添加剂，目前应用较多的菌类有乳酸菌、芽孢杆菌、酵母菌等；另一方面是改善水质的水体微生物调控剂，主要有光合细菌、芽孢菌、硝化细菌等。微生物制剂具有改良水质、增加养殖水体的溶解氧、降低养殖水体的氨态氮含量、抑制致病菌生长、改善动物体内水环境的生态平衡、提高动物抗病与免疫力、促进养殖对象生长等功能，是今后治理养殖污染水体有待发展的生物方法。
另外，还可以通过养殖一些对净化水质有益的鱼类或种植一些大型水生生物，达到净化水质的目的。养殖水体中合理放养鲢鳙鱼能优化浮游生物群体的结构，有效遏制“水华”的产生，大型水生植物可以直接从水层和底泥中吸收氮、磷，并同化为自身的结构组成物质（蛋白质和核酸等）能促进其生长；一些植物，如凤眼莲、浮萍、芦苇等广泛应用于氧化塘和人工湿地中。
