浮游生物在水产养殖中占有重要地位，它对于维持水生态系统的正常功能，稳定池塘水环境是不可缺少的。微藻在种群持续发展过程中，一方面通过光合作用为水体提供充足的溶解氧，另一方面降低并消除养殖水体中的有机污染和其他有害物质，保持养殖生态系统良性循环，达到改善水质的目的。因此，在水产养殖的苗种培育及水质管理中合理利用藻类，往往能达到事半功倍的效果。
微藻在水产养殖中的应用主要有立体供氧、调控水体微生态环境和苗种培育三个方面。
（一）微藻在水体供氧中的应用
所有藻类都具有叶绿素a和胡萝卜素，在光照条件下可高效率地进行光合作用，由于不同的藻类分布在不同的水层，因而可通过光合作用达到立体增氧的目的。
通常，在静水池塘，由浮游植物光合作用产生的氧气约占池水总溶氧的90%，是精养池溶氧的主要来源。因此，根据天气、季节、水质以及鱼类活动情况尽力做到合理施肥，是保证浮游植物群落适宜、池水溶氧来源充足的重要措施。水体偏瘦时，可以通过适当追肥，使藻类适量繁殖，对水体进行生物增氧。相应地，当水体富营养化时，也应考虑套养滤食性鱼类鲢、鳙等，以达到调节水质的目的。
那么是不是水中的藻类越多，水中的溶氧越丰富呢？事实上，只有当水体中的微藻种群相互之间形成稳定的竞争关系时，水体才能维持在一个稳定的良性状态。淡水水体常见的藻类有蓝藻、隐藻、甲藻、金藻、硅藻、裸藻等，各种类群相互制约，就无法形成优势种群。但当施肥不当等原因导致水体中某一种藻类在短时间爆发时，池塘中极易形成水华。水华会导致其他藻类和水生物种大量死亡，加速水体腐败，溶氧消耗加速，产生大量的氨氮和亚硝酸盐。其中，氨和亚硝酸盐对水产生物有毒害作用，浓度较大时会导致鱼虾大规模死亡。因此，只有当水体内各群落形成一个稳定的生态系统时，才能形成良性循环，这有赖于养殖户对水体各项指标的实时监测并采取及时的应对措施。
（二）调控水体微生态环境
游离态的氨和亚硝酸盐对水产生物有毒害作用，但如果在养殖水体中适当投放饵料微藻，不但可以直接吸收利用氨氮、亚硝酸盐等有毒物质，同时光合作用放出的氧气还可促进硝化细菌对氨氮、亚硝酸盐的硝化作用。一些关于小球藻降低池塘氨氮的研究也指出：水体中引入小球藻第三天时，小球藻对氨氮的吸收效率可达70%。此外，饵料微藻在调节水体微生物平衡方面也具有明显的作用，如海洋环境中弧菌分布非常广泛，但在饵料微藻大面积培育系统中却很少检测到弧菌。
（三）微藻在水产动物苗种培育中的应用
微藻营养物质含量丰富，不少藻类含有很高的蛋白质，还有维持水产品幼苗生长所必需的维生素及微量元素，对苗种的各项生理机能有明显的促进作用。例如，维生素E具有促进水产动物巨噬细胞的吞噬作用，提高补体活力，增强水产动物幼体的免疫能力；在对虾配合饲料中添加鱼腥藻粉可以明显提高对虾的生长速度及抗病害能力。因此鱼腥藻、小球藻等优良藻种在鱼虾苗种培育中具有很好的应用前景。
在配合饲料中加入一定比例的单胞藻作为鱼虾育苗前期的饵料，苗种的成活率更高，育苗能高产稳产。因此，不少地区采用单胞藻类适当添加非生物饵料的方法来培育幼体。不同藻种在营养指标的含量上存在一定差异。多种藻类混合调控方式有利于多种营养元素的均衡供给，从而保证了幼体的生长、发育和顺利变态。
目前水产养殖中应用较为广泛的饵料藻类主要有小球藻（我国第一个人工培养的微藻）、盐藻、角毛藻、三角褐指藻、等边金藻、中肋骨条藻、异胶藻、扁藻、新月菱形藻等40多种。
除了作为直接饵料外，微藻另一个重要功能是用于饲喂轮虫、卤虫、桡足类、枝角类等次级饵料，能够明显强化次级饵料生物体内所含多不饱和脂肪酸和各种维生素的含量，进而满足水产动物幼体对优质次级饵料的需求。这些优良藻种的广泛应用有力地促进了苗种行业的发展，也推动了育苗技术的进步。随着健康养殖的理念日益受到重视，可以预见在未来水产经济动物的苗种培育中，这些藻类也必将发挥越来越重要的作用。
