发生水患后要及时组织人员，投入抢救落水的活畜或搁浅在滩途而存活下来的畜禽及饲料等，减少经济损失，尽快离开恶劣的灾害环境，转移到地势较高、干燥的安全地带。搭盖临时圈舍和隔热性能好的遮阴凉棚，或遮阳网，防止烈日暴晒或强降雨的袭击，确保正常生产。
无害化处理动物尸体
在洪水期溺死的畜禽，尤其天热易腐臭，如为传染病尸，还可能把疾病传染给健康畜禽。为消除其危害，必须尽早尽快于48小时内，把动物尸体打捞运走，做无害化处理。投入运送和处理尸体的人员，要着装工作衣、口罩、手套、风镜和水靴等，做好自我防护，防止感染。工作后，着装衣物要消毒好，防止带菌传播。运送尸体车船，要内衬铁皮或铺衬塑料膜，也可把尸体装入不透气的塑料袋内，把口扎紧。但要把尸体的口、鼻、眼、耳、肛门等天然孔，用来苏尔水泡过的棉球堵塞住，防止污染环境。尸体爬卧污染的地面，要挖除污染的地表土15厘米和尸体一同运走，并消毒尸体污染处。运送尸体的车、船、工具和工作衣物用后要严格消毒。对于非芽胞菌致死的动物，可选用常规深埋法处理；对于炭疽、口蹄疫、水泡病等死畜，应选用焚烧法，把尸体浇上煤油，直到把尸体烧成黑碳，再放入1米深的大坑里压实；对于非传染性普通病或非烈性传染病尸体，可选用常规发酵法无害化处理。但无论选用何种方法处理，都要选择远离住房、道路、水源、农田、电线等僻静和地势高的地点进行，以防止疫病的传播扩散。
消毒水患污染的畜舍
发生水患后污染的畜舍和周边环境，有溺死畜禽、老鼠等大量致病菌和人畜粪便，尤其在高温条件下，使污染的环境进一步恶化，同是畜禽疫病可能暴发的主要传染源。俗话说“大灾之后必有大疫”，即是这个道理。但只要高度重视、科学防疫、排出积水、清理圈舍、改善环境、彻底消毒，就能有效地预防和控制疫病的流行。若为传染病，要深埋死畜，粪便一律焚烧；若为普通病畜粪便，可堆肥发酵，高温无害化处理。污染的地面、圈舍、用具应彻底消毒，可用10%火碱水、20%漂白粉或0.1升汞水消毒，第二天再消毒一次；如为烈性传染病，可每间隔1小时消毒一次，连续消毒3次。污染的土层表面，应铲出15厘米，再换上新土，避免重复感染。
保护水源保畜禽健康
水质的好坏与畜禽健康有密切关系，尤其在洪水期，则显得更为重要。必须加强水源的保护和管理，才能防止病从口入，保证畜禽健康。为此，在洪水期的畜禽一定要保证喝上清洁、没被污染的机井水，切不可饮用被洪水污染的水。如洪水流入井口，受到污染，应把井口周边用沙土袋打起围堰后，用水泵把污染的井水抽干，渗入好水后，再用漂白粉消毒。对于较清洁、混悬杂质少的井水，可向井水或水缸中每立方米水添加新鲜漂白粉6～10克，进行杀菌消毒。畜群放牧或出远门前，应饮足水，防止牲畜喝污染的脏水。如饮用污染的河水，可把水打入桶中，每升水中添加氯1～3毫克，水质混浊量大，可再适当添加，但必须保证漂白粉和水混合搅拌，30分钟后再饮用，以保证杀菌效果和饮水安全。
灾后畜禽要精心喂养
过水后的畜舍，应清除淤泥，换上新土、夯实，维修好畜舍，再用10%火碱水消毒。检查料库的饲料，有无变质，水泡过的要经过水洗晾晒，已经过水发霉变质饲料不能再喂，防止中毒或得其它病。被洪水泡过的秸秆，没变质的可适量和好草混合喂。野草、野菜应洗净和粉碎，掺到饲料中喂。被洪水污染的饲槽、水桶等用具，要消毒或水烫。放牧的畜群，要选用没被洪水污染的草地放牧，以免感染疾病。
给健康动物免疫接种
发生水灾后，要针对历史上发生过的动物疫情和现行发生的疫情，及时给没有感染发病的健康动物接种疫苗。但要有计划地按免疫程序进行，以获得好的免疫保护。如发生在牛、羊、猪、鹿、骆驼等偶蹄兽口蹄疫时，要及时上报有关动物防疫站，严格封锁，病畜和同群畜禽隔离急宰处理。对污染的场区、畜舍、用具等彻底消毒。而对周边附近的牛、羊、猪等可进行紧急预防接种，对牛羊常用A型和O型弱毒疫苗注射，对猪可用O型灭活苗注射。
