在畜牧生产过程中，消毒工作在整个动物疫病防治工作中已显示出越来越重要的作用，广大畜牧生产者也把消毒工作放在生产管理的重要位置来抓。但是，如何真正做好消毒工作，笔者根据多年来的生产实践经验，就当前普遍存在的问题总结如下：
消毒目的性不明确 有的饲养户仅知道畜禽饲养必须重视消毒工作，但未能根据当地疫病流行规律和动物防疫机构的防疫要求，结合自身实际情况制定科学的消毒制度和实施措施，从而造成消毒工作具有相当程度的盲目性，针对性不强，操作不规范，消毒工作无的放矢，而防疫隐患又不能及时消除。
消毒液浓度过高 消毒液浓度过低会使消毒效果变差，长期偏低则可导致病原微生物抵抗力增强，产生抗药性，但消毒液浓度过高也不正确。有的消毒药物只有在一定浓度范围内才能保持最佳消毒效果。如酒精的较好消毒浓度是70%-75%，烧碱溶液浓度为2%-4%时消毒效果较好，0.5%-2.5%的福尔马林溶液能在6-24小时杀死一切细菌、芽孢和病毒，来苏儿液常用消毒浓度为3%-10%。过高的消毒浓度有时还会对畜禽产生刺激，对其健康状况造成不利影响。在生产过程中，有些饲养户认为，消毒效果的关键取决于消毒浓度，浓度越高，效果越好，以致于盲目加大消毒液浓度，成本增加却达不到较好的消毒效果，甚至对畜禽造成不良反应而引发呼吸、消化系统等方面的疾病，导致整体免疫力下降。
消毒制度的实施缺乏 持久性消毒工作是一项长期而细致的工作。病原微生物一旦存在于有利其繁殖的环境中就会迅速大量繁殖，以致疫病暴发。所以，忽视消毒工作的持久性也就为疫病的发生、传播创造了机会和条件。一些饲养户只在发生疫情时才意识到消毒的重要性，而在疫情平静时不注重消毒，认为无疫情时消毒没有必要，又浪费资金，有的更是把消毒工作当作应付有关部门检查和欺骗客户或消费者的手段，造成“无病则已、有病则措手不及”的惨痛局面。
长期使用单一消毒药物或消毒药物 更换过于频繁当前一些厂家生产消毒药物，其说明书表示几乎对所有病原微生物均有彻底的杀灭或抑制作用，从而使部分饲养户认为是万能消毒药，只要经常使用某种消毒药物消毒，场内就能保持较好的安全环境。但是，一种消毒药物长期不更换而单独使用会引起病原微生物的抗药性，导致消毒效果越来越差；相反，消毒药物更换过于频繁，由于药物对致病微生物的抑制和杀灭作用不彻底，同样会造成病原微生物抵抗力增强。
消毒范围不全面 全面彻底的消毒机制是安全生产的前提。一些饲养户为了节省生产成本，只在生产区保持经常性消毒，而场内行政区、生活区等其他区域则长期不消毒或很少消毒，尤其在一些畜禽饲养场的入口消毒池，很少能长期保持有效的消毒效果，认为只要生产区消毒好了其他场所消不消毒无所谓。这样就使整个生产场所存在防疫缺陷，在病原微生物广泛存在和毒力增强或生产区消毒措施不力、人员管理不当时，随时都有疫病发生的可能性。
重消毒、忽视污染 畜禽饲养污染的治理既有利于创造畜牧业发展的社会环境，又能大大提高生产安全指数，确保提高生产效益。有些饲养户只知道消毒很重要，各种消毒设施也配备得较完备，并能够坚持经常性的消毒，但对生产过程中产生的各种污染却不闻不问，认为坚持按要求用消毒药物消毒后，各种污染都无关紧要，以至于场内卫生状况太差，严重影响消毒效果，消毒工作收效甚微，畜禽饲养污染日趋严重。其实，及时对场内污物进行清扫、冲洗是最基本的物理性消毒方法。
忽视对各种物理性消毒因子的利用，增加成本消耗
保持地面干燥、通风良好、阳光照射等，在一定程度上能抑制或减弱甚至杀灭各类有害细菌和病毒。但一些畜禽饲养场所，由于栏舍冲洗次数过多，地面长期潮湿，舍内湿度过高，加上饲养密度大，而通风强度很小。特别在冬季寒冷季节，为了保温，有些畜禽栏舍过于封闭，又不适时通风换气，有的连运动场也长期封闭，致使畜禽体质下降，同时促进了病原体的生长繁殖和积累；而潮湿封闭的环境也使消毒液浓度被稀释，从而降低消毒效果，同时加剧了舍内空气的恶化程度。
