灭活疫苗的免疫效果在推行数年之后，饱受专家质疑。专家建议，在蓝耳疫苗的选择上，仍应该使用活疫苗，应该选择安全性较好的疫苗，但不能过度使用活疫苗。
“猪蓝耳灭活疫苗已几乎无效，蓝耳灭活疫苗强制免疫应该取消，我曾就此向农业部提过建议。”中国农业大学杨汉春说。对此，农业部种猪质量监督测试中心（广州）樊福好博士与广西大学刘芳教授都深表认同。
蓝耳病毒的重组变异是蓝耳防控的难点，专家们一致认为，猪场频繁更换蓝耳疫苗、减毒活疫苗过度免疫是导致目前蓝耳病毒变异速度加快的根本原因之一。杨汉春建议，猪群每年免疫一次蓝耳疫苗就可以，最多免疫两次，稳定之后就要停止使用疫苗。经产且抗体阳性母猪群不免疫，后备母猪可在配种前1～3个月免疫一次。
另外，引种带来的疫病防控难度增加的问题也越来越明显。“我曾经碰到一个猪场，抗原检测发现存在多个蓝耳毒株，究其原因，就是从5个猪场多次引种造成的。”杨汉春说。他建议，对引进种猪隔离一个月以上，再进行驯化。
