棉花出苗后长出3片真叶时就要进行定苗。早间苗、定苗，不仅能防止因播种量大造成株间拥挤而形成高脚苗，同时能减少养分消耗，是生产上提倡的一项栽培管理措施。但是往往由于定苗过早，受病虫害和不良气候的影响而出现死苗，造成缺苗断垄，得不偿失。因为棉花3叶期是棉花一生中生活力最脆弱的时期，这时棉花次生根虽已长出，但尚不发达，棉苗营养主要来源之一——两片子叶的养分供应能力基本消失，此时又正处于5月下旬，是棉苗病害尤其是早发枯萎病的高发期和地老虎、棉蚜、盲椿象发生盛期。因此，对重病地、抗病能力较差的品种，以及地老虎发生较重的黏重土壤，在做好病虫害防治的同时，应适当晚定苗，以解决缺苗断垄之忧。
棉花定苗，牵扯到的另一个问题，就是如何做到合理密植，这是提高棉花产量、节本增效的一项重要措施。棉花的密度应根据不同地区、不同肥力水平、不同种植形式、不同品种特性以及种植习惯 （经验）来确定。如果你确定的留苗株数，在你的管理水平下遇到雨水大的年份不过密、干旱年份又不过稀，就达到合理密植的标准了。这要凭借经验和对天气的预测来实现。
就棉区而言，没有固定的留苗株数，只有适宜范围，如长江中下游棉区一般每亩留苗1300~1800株，黄河流域棉区在常规整枝情况下，一般每亩留苗3000~4000株。究竟亩留苗多少株，要根据地力条件、管理水平而定。肥力较高的、大株型品种、简化整枝栽培、间作套种要适当少留苗；地力较差、紧凑早熟品种（夏棉亩留苗宜在5000~6000株）、传统精细整枝方式以及植棉经验丰富的可适当多留苗。另外有经验的棉农可根据后期棉花株高来确定留苗株数，在常规整枝栽培下，一般株高100~120厘米，每亩留苗3000~3500株；株高80~100厘米，每亩留苗3500~4000株；株高70~80厘米，每亩留苗4000~5000株；株高在70厘米以下，每亩留苗6000株左右。
