在棉花出苗时，常会出现一些畸形棉苗，尤其是育苗的苗床上，畸形苗的几率要比大田直播的高得多。这些棉苗个体发育不良，很难生长成健壮幼苗，严重的引起死苗，造成缺苗断垄，影响整齐度。
生产中常见的畸形苗 带壳苗：子叶出土时棉子壳未能脱掉。主要原因是播种过浅，子叶出土时膨压小，尤其是用未经浸种的毛子播种和在墒情不足的棉田易出现此类棉苗。跷脚苗：胚根伸出后突破表土向上生长，形成根的负向地性。主要原因是播种时深浅不一，苗床覆土薄厚不均，造成部分棉子外露，易出现此类棉苗。胖脚苗：棉苗出土后子叶小、幼茎肥大。主要是由播种过深或苗床覆土过厚，棉苗出土时胚轴细胞膨压增大，子叶养分消耗过多而形成的。此外肥水条件好、光照不足也易出现此类棉苗。缩叶苗：出苗后子叶皱缩成团。主要是由在出苗过程中突然遭遇低温冻害而造成的。鸡爪苗：主要出现在育苗的苗床上，子叶形成缺刻畸形。主要是由植物生长调节剂施用不当造成的。锈苗：幼根尖端产生锈斑以至腐烂。主要是由播种时覆土镇压过紧或土壤湿度过大，出苗时氧气不足造成的。线状苗和团状苗：出土幼苗纤弱或成团。主要是由播量过大、棉子拥挤排列不当、营养不足造成的。出苗时幼茎纤细还极易缠绕成团形成球状苗。
预防措施 为使棉田一播全苗，达到苗齐、苗匀、苗壮，播种时要注意以下几点。一是使用脱绒包衣种子，提高出苗率。避免使用毛子下种。若用毛子播种一定要用温水浸种或浇足底墒水。二是播种深度要一致，掌握在2~3厘米。营养钵育苗每钵播1个子，大田直播要力求下种均匀。三是春季播种要结合当时的气温、地温和墒情，一般日平均气温在25℃左右，5厘米地温稳定在14℃~16℃，土壤含水量60%~70%。四是育苗移栽要掌握苗不移载、膜不离床，要根据天气情况对棉苗进行放风炼苗。五是除草剂和植物生长调节剂施用时一定要按照说明严格操作，不得随意加大用量。
