棉花从出苗到现蕾的一段时间为苗期，大约经历40-45天。此期病虫以苗蚜和苗病为主。
1.苗蚜：当田间棉株卷叶株率达20%以上时，应立即用药防治。可用吡虫啉可湿性粉剂2000倍液或3%啶虫脒可湿性粉剂3000-4000倍液喷雾进行防治。防治药剂应轮换使用。
2.地下害虫：小地老虎是棉花苗期的主要地下害虫，常造成植株死亡，缺苗断垄。发生较重田块可用40%辛硫磷乳油500-800倍液灌根或亩用1.505粉2-3公斤拌细土20公斤撒施结合浇水进行防治，这样可以兼治蝼蛄、蛴螬等其它地下害虫。
3.棉花苗病：苗病为土传病害，特别是连茬棉田，土壤菌原充足，如果苗期遇到气温偏低，阴雨的环境条件，极易受病菌侵染，造成死苗。苗期常见的有立枯病、炭疽病、红腐病等根病类病害，可引起烂种、烂芽、根腐、茎基腐等，还引起子叶、真叶、幼芽和嫩茎的局部坏死和焦枯。
