近年来棉花病害已经成为影响棉花生产的第一难题，特别是在棉花苗期，如遇到低温、多雨等不良气候更易使病害大面积发生，轻者造成缺苗断垄，重者不得不毁苗重种。掌握以下几点可有效防止棉花苗期病害的发生。
一、适当晚播 在冬前深耕的基础上，当5厘米地温稳定通过14℃并能很快达到16℃时播种为宜，一般地膜棉在4月25日左右播种，地温高可以缩短种子出苗时间，减少其养分在地下的消耗，有利于形成壮苗。
二、平衡施肥 培肥土壤建议有条件的地方可以进行测土配方施肥，土壤缺什么元素就补什么，以免造成经济上的浪费。无法测土施肥的建议亩施有机肥不少于1500公斤，底肥可用以下几种配方肥：一般棉田可施35%(14-16-5)、30%(12-8-10)的复混肥；对于近些年施用磷肥多钾肥少的老棉田可选用40%(13-12-15)、45%(18-12-15)的复混肥；氮肥用量大的可选用45%(15-12-18)的复混肥。
三、选择包衣种子 包衣种子的种衣剂中含有杀虫、杀菌、调节种子生长发育作用的多种成分，它既能有效地防治地下害虫，又能杀死种子周围土壤中的病菌，可有效减少棉苗病害的发生。
四、深中耕 棉花出苗后，如遇低温或下雨后要及时深中耕，这样既有利于散墒降湿，增加土壤通透性，提高地温，同时保住下层墒情，还可刺激棉苗根部萌生新根，促其根部下扎，提高其抗病能力。
五、采用化学药剂 综合防治为了扩大杀菌范围、增强防治效果，可采用两种杀菌剂混用，同时为改善幼苗的生长状况，促进棉苗健壮生长，还可配合两种营养剂喷施。其中杀菌剂可采用：50%多菌灵25克，72.2%普力克25毫升(以防治猝倒、疫病为主)80%乙蒜素(该品遇铝、铁等金属或碱性物质易分解失效)营养调节剂可采用：E导素20～40毫克，芸苔素内酯1克、85%赤霉素0.7～1克。以上用量以每12.5公斤容量的喷雾器为准。注意天气信息，争取在每次下雨前喷一次预防药，或者在下雨后及时补喷1～2次。
