黄瓜种子上带有枯萎病、炭疽病、立枯病、角斑病等病原菌，因此在催芽前应该先对黄瓜种子进行表面消毒。主要方法有以下三种。
温汤浸种：将干种子投入55℃～60℃温水中处理约10分钟，处理过程要不断搅拌，之后再降温到28℃～30℃浸种4～6小时，淘洗干净后进行催芽。
药剂消毒法：用有效成分0.1%的多菌灵盐酸液浸种1小时，用清水冲洗后再用清水浸种4小时，即可浸种催芽。
种膜剂处理：有些黄瓜种子在出售时已经由制种单位用含杀菌剂和多种微量元素的种膜进行了处理，用种膜剂处理有良好的杀菌效果。经处理的种子可直接浸种催芽，也可直播。
种子经消毒处理后，捞出清洗一遍，去水甩干，用布包好，置于27℃～30℃下催芽，催芽过程中要常翻动种子，使种子承受温度均匀，经24小时左右便开始出芽，种子露出根尖时，温度可适当降低，维持22℃～26℃，经两天左右可以出齐。如在发芽后恰遇阴天不能播种，则可用湿毛巾将种子包好放在冷凉处10℃左右，抑制幼芽继续生长，这种做法叫“蹲芽”。
