采集和处理：砧木种子应采自品种纯正、生长健壮的采种母树，一般情况果实成熟即可采收取种（枳可从未成熟果实取种），根据果实特点取种方法不同，若果实可食用，食用后或送加工厂采集种子，枳壳等无食用价值的品种可以直接将含有种子的鲜果剖切后挤出种子，或将果实堆积，待果肉腐烂后洗出种子。无论何种方法采集的种子都必须淘净果皮、果肉及果胶等杂质，否则种子易腐烂，然后在清水中漂洗干净，再在较弱的光照条件下或在室内阴干，切忌在阳光下暴晒，直至种子表面不发黏、不互相粘连即可，注意防止种子被晒死。采集到的砧木种子应经处理后才能贮藏或播种，常用的方法有：将种子浸于保持51.5℃水温的热水中，不断振荡10分钟，然后将种子捞出，阴干或吸干种子表面水分，再用杀菌剂处理；另一种方法是1％的8-羟基喹林硫盐浸种，待种皮沾满药液后捞出阴干至种皮发白。
贮藏：大量种子的贮藏常用沙藏法，将4倍于种子体积的清洁、含水量5％～10％的河沙与种混匀，置于室内干燥、可排水的地面，堆积高度以25～45cm为宜，上盖5厘米河沙后覆盖塑料薄膜保湿，每7～10天应检查河沙含水量，水分不足时应筛出种子，喷水于沙上混匀达所需含水量，再与种子混匀贮藏；短期贮藏可用鲜果，播时取种；少量种子的贮藏，可将种子消毒杀菌阴干后，装入聚乙烯薄膜袋中，并尽可能排出袋内空气，封口，置于1.5～7.5℃温度环境中，此法可贮藏1年或更长时间。
运输：必须使用透气性好的包装材料，如麻袋、有孔的木箱等，以小件包装且不装得过满为好，运输中不宜堆码过高，以免因堆积过厚而发热变质降低种子发芽力。种子湿度较大时可用木炭粉与种子混合吸潮，减少途中因湿度太大种子霉烂的危险。运输应快转快运，不能受热受淋，到达目的地应立即解除包装贮藏或播种。
