在国家863计划支持下，科技攻关以育种技术的不断创新为支撑，以新品种保护权为纽带，加快了新品种选育与种子产业化开发一体化，促进了我国高科技种业的健康发展，创造了显著的经济效益。
在农作物新品种选育过程中，以新品种保护权为纽带，先后与全国260多家大中型种子企业建立了多种形式的合作关系。通过产、学、研相结合，加快了新品种选育与种子产业化一体化进程，推进了新品种育繁加销一体化、研产营贸一条龙，逐步建立健全了种子产业链条，培育或创建了一批具有较强创新能力的高科技种业企业（集团），促进了具有国际竞争力的我国农作物高科技种业的健康发展。如四川农业大学通过开发自身育成的新品种，创建的高科技种业企业不断壮大，即将上市。中国农科院棉花所在全国三大主产棉区内成立或与当地企业合作，组建了15家棉种公司，建立了25个具有一定规模的原种和良种繁育基地，年繁殖棉花良种6000万公斤。通过选育出的高淀粉适于生产酒精的甘薯专用新品种，与亚洲最大的酒精生产企业“南阳天冠集团”合作，启动了“年产三十万吨汽油醇”的国家重点项目，并依托企业建立了相应的研发中心。与金健米业公司、金佳谷物公司、辽星米业等公司合作，共同组织优质稻中健2号、丰园香稻、辽粳371的订单生产，面积达到200万亩。选育的油菜新品种分别与贵州省德江县星星油脂化工有限公司、湄潭县天利达公司、湖北千里香油脂食品公司、湖南金健种业公司等大、中型油脂加工企业合作，以订单农业、定点收购等方法，达到优质优用，创直接经济效益5亿元以上。与鲁花集团和东生集团与山东生花生研究所共建了高油花生和出口花生生产基地，实行了订单农业，共同加快花育19号和花育20号新品种的开发应用。此外，成果转让也是一种合作方式，农作物育种专题共转让新品种、新技术成果150多项，转让收入达到2.5亿元；如福建农科院将Ⅱ优明86新品种转让给隆平高科；国家杂交水稻工程技术研究中心已将金优207转让给隆平高科，这不仅促进了我国种子企业的科技进步，也促进了我国种子企业的发展壮大。
甘薯品种冀薯98和商薯19已经被位于河南省南阳市、亚洲最大的酒精生产企业“南阳天冠集团”用于生产燃料乙醇，该集团公司已启动了 “年产三十万吨汽油醇”的国家重点项目。累计推广种植大麦新品种600多万亩，累计生产大麦原料180万吨，以专用大麦平均价格每吨1500元计，直接创社会产值27亿元；已增产专用大麦原料18万吨，直接增加社会产值2.7亿元。育成的专用大麦品种，累计推广面积1100多万亩，新增产值8亿多元。
据不完全统计，专题审定品种累计推广面积5.7亿亩，成果创直接经济效益近220余亿元，其中出口创汇1.2亿美元。如航天技术培育的稻麦新品种（组合）累计推广面积达850万亩，增产粮食3.4亿kg，创社会经济效益5.0亿元；育成的棉花新品种在我国三大棉区累计推广面积5243.03万亩，成果创产值31.77亿元，成果创利润近8亿元；累计推广种植大麦新品种600多万亩，累计生产大麦原料180万吨，以专用大麦平均价格每吨1500元计，直接创产值27亿元。
