南农99-6是由南京农业大学选育而成的，该品种生育期117天，亚有限结荚习性。株高96厘米，底荚高度22．6厘米，主茎节数21.6个，分枝数1．6个，单株荚数43．8个，单株粒重18．6克，百粒重19．9克。卵圆叶，白花，棕毛。种子圆形，种皮黄色，种脐深褐色。接种鉴定，中抗花叶病毒病3号株系，中感花叶病毒病7号株系。粗蛋白质含量41．48％，粗脂肪含量20．41％。
2008年参加长江流域夏大豆晚熟组品种区域试验，平均亩产197．9公斤，对比照南农88-31增产8．4％。2009年续试，平均亩产187．4公斤，对比照增产22％。该品种适宜在浙江、江西吉安、四川南充、江苏淮河以南夏播种植。
