作为一种高投入、高标准的节水灌溉技术，深埋式渗灌同地表常压或地表加压式滴灌相比有着无可比拟的优势，但在具体操作中，应注意做到以下几点，以确保正常生产。
1、管道埋设深度要合适。深埋式渗灌的深度对于作物正常生长至关重要，在安装到位，保证毛、干支管畅通的前提下，要充分考虑深埋式渗灌的自身特点，合理深埋渗灌管道。埋设过深会影响渗灌效果，过浅则会在犁地操作时不可避免地弄断毛管(渗灌管)。通常情况下，毛管埋设最适宜的深度应在犁底层下5―8厘米。
2、采用适度翻耕及免耕技术。由于渗灌管道埋于地下，深翻时，因地块的高低不平及土壤的虚实不同，易犁断毛管。所以不仅要减少深翻次数，而且要保证适度深翻 (最大耕深不得超过30厘米)以避免造成不必要的损失。在生产中，宜采用少犁、浅犁和耙、耱播种一次性完成技术。
3、适时秋翻冬灌，施足底肥。对深埋式渗灌的地块，要适时秋翻冬灌，并施足农家肥，改善土壤结构和物质成分，提高耕层持水量。
4、适墒播种。由于深埋式渗灌的渗水层低，表层土壤墒情不易控制，而种子出苗要完全依靠表层土壤水分，所以要达到一播全苗必须适墒播种。否则表层土壤失墒，难以形成一播全苗，最终影响农作物的产量。
