在食用菌栽培中，水分起着为菌丝和菇体提供营养的作用，是决定产量高低和快速转潮的重要因素。大多数品种的培养料适宜含水量为60%～65%，在出菇过程中培养料和空间的水分都逐渐减少，需要及时补充。在对菌袋的培养基补水时应当注意以下几个要点：
补水时机和补水量。香菇等转色完成、出菇前就要补水，补到培养料含水量65%左右。多数食用菌在第一潮菇采收后，基质营养丰富，基质中水分含量还较高，补水量宜少些；当长过第二潮菇后，基质营养减少，基质中的水分也降低，补水量可多些，菌袋浸水的时间可长些。补水时要先养菌，再补水，补水量控制在原菌袋重量的80%～90%为好。菌丝稀疏、长势弱、温度低于5℃或料内发生病虫害时不宜补水。三潮菇后补水时，可同时补充营养物质，常用尿素、糖、磷酸二氢钾等。
补水时应用清洁干净的河水或地下水。不宜使用地表的塘水和沟水，防止杂菌和害虫携带入基质中，引发病虫为害。
水温尽可能与菇棚温度一致，不要用冰凉的水。原基、菇蕾上不要喷水。最好用喷雾器补水，喷嘴朝上向空间喷雾增湿。
补水后，如菇体上有水珠应通风去除，否则会给病菌繁殖造成机会，在菇体上形成病斑。
